pyclone-install and debug

说多了都是眼泪,安装一个pyclone包可把我折腾坏了,搞了好久才搞定,主要是没有sudo权限,做起来真的是不得心不应手啊。不过好在还是安装成功,测试通过了,现分享一下我坎坷的安装及去debug的过程,留给大家参考,若是遇到同样的问题,不会很迷茫,总还是有个参考,我也求救他们但是人是“lucky dog”,一次安装成功,我就无语了,所以说遇到问题还是直接“度娘”吧,毕竟人多力量大!说下背景:

PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer

Bug.1

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

解决办法:选错了型号,我现在了64位的吗,应该是32位的,我又卸了重新安装了,这个是针对Python2.7版本的,最主要的是跟pyclone使用的版本一致,你懂的。

Bug.2

conda list #查看已安装的包

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ #添加下载chanels

conda install pyclone -c aroth85 #安装包

解决办法:在安装后的miniconda目录下自行操作上面提示的动作即:

mkdir noarch

echo '{}' >noarch/repodata.json

bzip2 -k noarch/prpodata.json

Bug.3

./miniconda2/bin/pip install --upgrade pip #升级

./miniconda2/bin/pip install pypeliner #安装Python包

./miniconda2/bin/pip install networkx

./miniconda2/bin/pip show pypeliner #show包的信息

Bug.4

python PyClone run_analysis_pipeline --plot_file_format pdf --in_files ./tsv/SRR385938.tsv ./tsv/SRR385939.tsv ./tsv/SRR385940.tsv ./tsv/SRR385941.tsv --working_dir ./result

解决办法:1)在所有import matplotlib 下一行填上matplotlib.use('Agg')这句话

2)下载simhei.ttf放在目录

cpsimhei.ttf../miniconda2/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/mpl-data/fonts/ttf/

3) 删除缓存文件cache

rm -rf ~/.cache/matplotlib/

4)修改matplotlibrc文件内容

import matplotlib

matplotlib.matplotlib_fname()

~/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/mpl-data/matplotlibrc

#axes.unicode_minus : False 修改为 axes.unicode_minus : Ture

#font.sans-serif : DejaVu Sans, 修改为font.sans-serif : SimHei, DejaVu Sans

#font.family : sans-serif 修改为font.family : sans-serif

安装结束可以成功测试运行了,得到结果包括表格和图片,关于结果数据的解读下期在分解,结果目录如下:

祝你好运一次性安装测试成功!

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20181212G0E7CW00?refer=cp_1026
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