手把手教你预测转录因子结合位点

基因在不同组织细胞里表达增高或降低了,是否由于转录因子的影响?

哪些转录因子能结合在所研究基因的启动子上?

能否对转录因子结合情况进行预测?

下面这个数据库可能会给你的研究提供一些帮助。

JASPAR 数据库

JASPAR 数据库包涵了 9 个不同的子库,其中 JASPAR CORE 数据库属于高质量,非冗余转录因子数据库,包含的信息源于已经实验证实的真核生物转录因子结合位点。可供查找的物种有脊椎动物,线虫,昆虫,真菌和植物。

Step1:打开官网,根据所研究的物种,选择不同的库,这里以 jaspar Core Vertebrata(脊椎动物)为例,点击进入。

Step2:进入主界面,在输入序列区域将查找到的启动子序列输入进去。

注:输入序列需为 FASTA 格式,即输入第一行为「>」 加「文字说明」第二行开始才为序列。

Step3:勾选想要检测的转录因子或者同一物种全部勾选(注意物种),其它选项默认,之后点击 SCAN 结果展示:

Score 以及 Relative score 是根据相应算法运算后给出的,评分越高,结合的可能性越大。

数据库虽然能够预测到很多转录因子的结合,可是,它也只是起到提示作用,最终还是要通过实验验证哦。

参考文献:

Mathelier A, Fornes O, Arenillas DJ, Chen CY, Denay G, Lee J, et al. JASPAR 2016: a major expansion and update of the open-access database of transcription factor binding profiles. Nucleic acids research 2016, 44(D1): D110-115.

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  • 原文链接:http://kuaibao.qq.com/s/20180105A02S9700?refer=cp_1026

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