手把手教你预测转录因子结合位点

基因在不同组织细胞里表达增高或降低了，是否由于转录因子的影响？

哪些转录因子能结合在所研究基因的启动子上？

能否对转录因子结合情况进行预测？

下面这个数据库可能会给你的研究提供一些帮助。

JASPAR 数据库

JASPAR 数据库包涵了 9 个不同的子库，其中 JASPAR CORE 数据库属于高质量，非冗余转录因子数据库，包含的信息源于已经实验证实的真核生物转录因子结合位点。可供查找的物种有脊椎动物，线虫，昆虫，真菌和植物。

Step1：打开官网，根据所研究的物种，选择不同的库，这里以 jaspar Core Vertebrata（脊椎动物）为例，点击进入。

Step2：进入主界面，在输入序列区域将查找到的启动子序列输入进去。

注：输入序列需为 FASTA 格式，即输入第一行为「>」 加「文字说明」第二行开始才为序列。

Step3：勾选想要检测的转录因子或者同一物种全部勾选（注意物种），其它选项默认，之后点击 SCAN 结果展示：

Score 以及 Relative score 是根据相应算法运算后给出的，评分越高，结合的可能性越大。

数据库虽然能够预测到很多转录因子的结合，可是，它也只是起到提示作用，最终还是要通过实验验证哦。

参考文献：

Mathelier A, Fornes O, Arenillas DJ, Chen CY, Denay G, Lee J, et al. JASPAR 2016: a major expansion and update of the open-access database of transcription factor binding profiles. Nucleic acids research 2016, 44（D1）： D110-115.