利用OpenBabel生成多个构像

题外话

上期遍历文件执行 好朋友陈兄给了一个更加优秀的方法，包含并行和串行:

陈兄不仅在shell上研究深刻，同时对于perl和python有独特的建树。如果大家想更加深入学习perl或者python可以通过今天推送的第二篇文章进去关注了解。

此文感谢建民兄的指导，才让我学习到这么有用的工具

起因

有许多软件例如 ，对于小分子的柔性对接支持并不那么好，这就导致了因为初始构像的不正确而导致了对接结果的不正确和不可靠，为了解决这个问题一个方法就是进行构像的生成，再进行多对接，整理得分排序。当然还有一个应用就是用于3D药效团的使用。网上有许多在线网站可以进行这方面的工作，但是最好用的我感觉还是openbabel神器！

利用openbabel生成多构像

Open Babel提供了两种构像生成的算法代码:

Confab: 一个成体系的构像生成器，有序的生成所有的低能量构像

遗传算法: 是一个随机构像产生器，能够根据RMSD或者能量的不同达到优化的目的

1. 遗传算法

了解算法的命令信息可以使用: 查看。虽然查看是说的构像搜寻，但是可以使用 对生成的构像进行保存。可以查看如下的生成30个构像的例子:

其中 可以不写，因为默认就是使用这种方式

当然生成的构像在1个文件里，我们有时候需要split，当然首先想到的还是 ,其进行拆分相当于高射炮打蚊子--相当好用呀（

我自己的输出结果如下:

2. Confab

Confab 生成分子的低能量构像分子集合。设置命令为 ,同样可以使用 进行查看了解。使用简单的设置操作如下:

其还有一个额外的应用就是confabreport format，如下:

主要是为了和初始构像进行比较。

下面是其中一个例子，首先生成100K个构像:

统计多少个构像和初始构像相比RMSD小于1.0A

我做的一个的简单应用（批量读取文件对接），不提供部分代码：

参考资料:

Generate multiple conformers

obabel and babel