用VTK和Python做体绘制

如本文标题所言，本文确实很中二。

翻译迟迟没有下篇的原因很简单，因为是原作者的源代码现在跑始终有问题，毕竟4，5年前的源代码，vtk和python都升级了很多版本了，别说接口了，就连语法都变了不少。这一直是一块心病。

同时深感vtk资料之匮乏，google也上不了，百度搜索的结果都是翻来覆去那几句车轱辘话，对解决问题近乎毫无帮助。路线错了，研究越多越反动，所以走了不少弯路，差点跳到itk里面去了。

所以再次验证了那句话，程序员可以数学不好，但是不可以英语不好。

故参考国外资料，修改原文的源代码，并且保留了我的修改痕迹。

做得不好的地方，欢迎大家指出，非常感谢！

环境：centos7+pytho3.4+vtk8.0.0，此段代码需配合原文中下载的mha和colour两个文件使用。

效果如下图：

这显然不是一个漂亮的体绘制图，但是，如原文作者所言，重点不在于此。

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import os

import numpy

import vtk

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# Path to the .mha file

filenameSegmentation = "./brain_segmentation.mha"

# Path to colorfile.txt

filenameColorfile = "./colorfile.txt"

# Opacity of the different volumes (between 0.0 and 1.0)

volOpacityDef = 0.25

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vtk_reader = vtk.vtkMetaImageReader()

vtk_reader.SetFileName(filenameSegmentation)

castFilter = vtk.vtkImageCast()

castFilter.SetInputConnection(vtk_reader.GetOutputPort())

castFilter.SetOutputScalarTypeToUnsignedShort()

castFilter.Update()

imdataBrainSeg = castFilter.GetOutput()

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import csv

fid = open(filenameColorfile, "r")

csv_reader = csv.reader(fid)

dictRGB = {}

for line in csv_reader:

dictRGB[int(line[0])] = [float(line[2])/255.0,

float(line[3])/255.0,

float(line[4])/255.0]

fid.close()

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funcColor = vtk.vtkColorTransferFunction()

for idx in dictRGB.keys():

funcColor.AddRGBPoint(idx,

dictRGB[idx][0],

dictRGB[idx][1],

dictRGB[idx][2])

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funcOpacityScalar = vtk.vtkPiecewiseFunction()

for idx in dictRGB.keys():

##funcOpacityScalar.AddPoint(idx, volOpacityDef if idx0 else 0.0)

funcOpacityScalar.AddPoint(idx, volOpacityDef if idx!=0 else 0.0)

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funcOpacityGradient = vtk.vtkPiecewiseFunction()

funcOpacityGradient.AddPoint(1, 0.0)

funcOpacityGradient.AddPoint(5, 0.1)

funcOpacityGradient.AddPoint(100, 1.0)

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propVolume = vtk.vtkVolumeProperty()

propVolume.ShadeOff()

propVolume.SetColor(funcColor)

propVolume.SetScalarOpacity(funcOpacityScalar)

propVolume.SetGradientOpacity(funcOpacityGradient)

propVolume.SetInterpolationTypeToLinear()

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##funcRayCast = vtk.vtkVolumeRayCastCompositeFunction()

##funcRayCast.SetCompositeMethodToClassifyFirst()

mapperVolume = vtk.vtkFixedPointVolumeRayCastMapper()

mapperVolume.SetInputConnection(vtk_reader.GetOutputPort())

##mapperVolume.SetVolumeRayCastFunction(funcRayCast)

actorVolume = vtk.vtkVolume()

actorVolume.SetMapper(mapperVolume)

actorVolume.SetProperty(propVolume)

##renderer = vtk.vtkRenderer()

##renderer.AddActor(actorVolume)

##vtk_show(renderer, 600, 600)

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ren = vtk.vtkRenderer()

ren.AddViewProp(actorVolume)

renWin = vtk.vtkRenderWindow()

renWin.AddRenderer(ren)

iren = vtk.vtkRenderWindowInteractor()

iren.SetRenderWindow(renWin)

renWin.SetSize(600, 600)

iren.Start()

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