今天是生信星球陪你的第258天
大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~
就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~
这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!
新的开始。其实手头事情很多,想着要不结束后再开始?可是,忙完这阵,也不过是忙下一阵而已,择日不如撞日,就今天。发文临近12点,没赶上。干脆悠然选了个封面图~~~走啦。
1.R语言运行
交互模式
常规的session,用source("z.R")运行脚本
批处理模式
在linux命令行运行 R CMD BSATCH z.R
(计算,小函数,赋值,内置数据集作图)
2.函数
oddcount()计算整数向量中奇数的个数
(1)小知识点
取整 ,取余 ,
行首的大于号和加号,
for循环和k=k+1,
注意代码简洁,可以不写下标
函数中的return:没有显式调用return()时,R语言的函数会返回最后计算的值,不写需谨慎)
函数的作用域
{}内是函数体,里面的n、x都是局部变量,在函数体外无效
(2)关于参数
定义函数:
调用函数:
形参和实参:12是x的实际参数,接受了默认参数y,覆盖了参数z。
默认参数:y的初始化值是2。
3.数据结构
(1)向量
向量必须术语某种“模式”,即数据类型mode(),比如整数型、字符型
字符串实际上是字符模式(而不是数值模式)的单元素向量。
字符串的拆分和组合:paste和strsplit
(2)矩阵
例:
矩阵乘法:
取子集,提取子矩阵
(3)列表
值的容器,其中的值可以属于不同的数据类型。
组件(组成部分),以
str代表structure(结构)。这个函数可以显示任何R对象的内部结构,不只限于列表。
(4)数据框
通常通过读取文件和数据框来创建。是特殊的列表,可以通过开头。作图是有返回值的,返回列表¨G3Gstr代表structure(结构)。这个函数可以显示任何R对象的内部结构,不只限于列表。¨K15K通常通过读取文件和数据框来创建。是特殊的列表,可以通过调用列。
(5)类
R语言是一门面向对象的编程语言。对象是类的实例。
4.扩展
读取--read.table,默认header=FALSE
class-查看类型,head,查看前几行。
lm(y~x)函数,拟合预测方程:y=β0+β1×x
lma
5.获取帮助
(1)help()
help(seq)
快捷方式
?seq
?"for"
(2)example()
运行示例代码
(3)不清楚要找什么
(4)其他主题的帮助
整个包的帮助文档:
help(package=MASS)
主题搜索
(5)批处理模式帮助
R CMD command --help
R CMD INSTALL --help
6.互联网资源
R语言主页(http://www.r-project.org/)
R语言主页(http://www.r-project.org/)
CRAN(R语言综合资料网,网址为http://cran.r-project.org/)
简书:小洁忘了怎么分身
隔壁生信技能树公益视频合辑(学习顺序是linux,r,软件安装,geo,小技巧,ngs组学!)
国内看B站,教学视频链接:https://m.bilibili.com/space/338686099
国外看YouTube,教学视频链接:https://m.youtube.com/channel/UC67sImqK7V8tSWHMG8azIVA/playlists
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