XMDS2:求解偏微分方程组的利器!

从8月12日到现在一直没更推文,感动的是粉丝数量竟然每天都有增加,谢谢你们的支持!我决定继续分享一些科研中遇到的问题与解决方法。我们知道,很多科学问题的往往归结于一组偏微分方程,而大部分偏微分方程是难以给出解析解的。例如随机润滑方程(SLE):

我们可以通过自己编程来实现微分方程的数值求解,也可以通过现成的开源软件。如果不是为了研究算法的话,相比于自己编程实现,直接应用现成软件会有很多优势。例如有着成熟的数值算法,求速度快,效率高。

今天重点介绍的就是XMDS2[1],全称eXtensible multi-dimensional simulator。XMDS2可以高效求解偏微分方程组和随机微分方程。我也是第一次接触XMDS2,今天就和大家一起完成Linux系统下的软件安装,下篇推文讲解一个简单算例的求解。

STEP1: 下载xmds2,hdf5,fftw软件源码

xmds2的依赖软件为hdf5和fftw,因此要先安装这两个软件。

XMDS2官网:

hdf5官网:

https://support.hdfgroup.org/HDF5/

fftw官网:

STEP2:安装fftw

解压缩后进入主目录,打开命令行:

configure

make

make install

STEP3:安装hdf5

解压缩后进入主目录,打开命令行:

configure

make 同上

make install 同上

STEP4:安装xmds2

解压缩后进入主目录,打开命令行:

sudo ./setup.py develop

xmds2 --reconfigure

STEP5:试运行xmds2

在命令行输入xmds2试运行如图:

恭喜,安装成功!

下一篇推文继续结合实际例子讲解xmds2的使用,感兴趣的一定要继续关注哦!

最近发了一篇关于用分子动力学模拟纳米尺度下自激振荡器的文章,大家可以看一下,或许对你的科研工作很有帮助。

文章地址:

http://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.5006894

其数据处理方法我曾在之前的一篇推文讲过(点击即可链接到):

参考文献:

[1] Graham R.Dennis, Comput. Phys. Commun. 184, 201-208 (2013).

  • 发表于:
  • 原文链接:http://kuaibao.qq.com/s/20171215G0YZXZ00?refer=cp_1026

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