实验小鼠遗传差异数据库

一个的许多研究人员都可以证明，并不是所有的小鼠都是一样的。不同菌株的遗传背景可以极大地影响实验的结果。举一个小鼠遗传学家所熟知的例子，小鼠会出现结肠息肉;但同样的遗传变化，称为“最小突变”。同样的实验仅仅因为实验室小鼠的应变而产生了不同的结果，威斯康星大学遗传学家艾米莫塞尔解释说，他研究了分钟突变。

现在，科学家们可以更好地解决哪些基因导致这种与菌株相关的差异，根特大学的研究人员已经发布了一个蛋白质数据库，该数据库预测在36种最受欢迎和最重要的近交系实验室小鼠中无法使用。没有参与这项工作的莫瑟说，该数据库可以帮助研究人员更好地了解他们的老鼠，并希望能够设计出更好的实验结果。

大约一个世纪以前，科学家们开始通过兄弟姊妹交配来接近老鼠。一旦菌株完全近交，它对于基因组中的每个位置都是纯合的，因此，后代在遗传上与亲本相同。

使用近交系小鼠，研究人员可以知道，他们实验中小鼠的唯一变化就是它们正在引入的那些;没有遗传背景的变异。但近年来，威信信托桑格研究所的科学家对36种其他最常用的近交系小鼠的基因组进行了测序。利伯特和他的同事使用这些序列数据以及来自其他资源的数据来创建他们的新数据库。

研究人员从黑色6参考序列以及与其他36个菌株中发现的黑色6相关的插入，缺失和单核苷酸多态性数据开始。对于每个基因，研究人员采用黑色6序列的编码区域，根据36个其他实验室小鼠中的每一个的插入，缺失和数据进行计算突变，然后在计算机上翻译这些DNA。密码子进入其相应的氨基酸序列，以预测每个基因的突变如何影响所得蛋白质。

该数据库中包含的数据是公开的，但不是全部都在一个地方，德国亥姆霍兹感染研究中心感染遗传学部门负责人克劳斯舒哈特指出，他没有参与这项工作。科学家。从多个位置处理这些数据需要“相当多的专业知识。。。。他们产生的资源使更大的研究团体更容易找到遗传变异和表型后果之间的重要联系。“

该数据库可以帮助研究人员更多地了解他们已经用于研究疾病的菌株。舒哈特说，或者如果他们对特定基因感兴趣，他们可能会发现一种近交品系，其中该基因被突变并使用该菌株来研究该基因。

该数据库的另一个应用是帮助分选可能控制特定表型的候选基因。例如，莫瑟和其他人发现基因组区域似乎补偿了莫瑟突变 - 修饰基因位点 - 随后，其他研究人员发现该区域内的一个基因在黑色6只小鼠中突变，当他们测试该基因时，他们发现它确实存在。修饰语。

但莫瑟说，测试候选基因的过程并不容易，其中可能有数百个。“如果我们使用他们在论文中描述的工具，我们可以说，'好吧，4号染色体上是否存在这些菌株与6不同的基因？'而且我们会把这种变异拉出来。“

莫瑟说，该数据库可能有助于研究人员改进他们的实验设计。例如，“这是一种用于制造大量转基因小鼠的菌株，因为正如他们在论文中提到的那样，它们具有很大的[蛋] - 鸡蛋很容易注射。。。但如果你想看视网膜，你不会想要使用那种菌株。所以你应该知道，但很多人在他们刚开始制造转基因小鼠时并没有这样做。“

利伯特实验室的博士生曼斯说，数据库的局限性在于它不包含有关基因组非编码区突变的信息。

“我们正在研究非编码序列，但我们并不确定这是否会成功，因为已经知道非编码序列，即使它们很重要，它们在物种之间的保守性远远低于编码序列，”曼斯说。“因此，这项实验正在进行中。”