funRiceGenes-水稻已克隆基因数据库-小麦基因功能可以来看一看

随着小麦参考基因组的公布,小麦的研究也逐步深入到功能基因层面。得益于简单的基因组和高效的遗传转化体系,水稻的功能基因研究在作物学中一直比较靠前。因此,我们在研究小麦特定基因功能时候,如果有意识的寻找下水稻或者其他物种中的相关信息,应该是大有帮助的。

funRiceGenes就是一个信息齐全的水稻已克隆基因的数据库。通过对6000+已发表文献的文本挖掘,数据库搜集了已克隆的3000+的基因相关信息,其中还包括400+基因家族,200+基因互作网络。这些信息可以为基因功能研究提供有用线索。

拿水稻的粒重基因GW2为例,我们想了解在水稻中已报道的有哪些基因与这个基因相关。

我们选用connection选项进行查询,在第一页就能得到,BSG1影响GW2的表达,而GIF1又受GW2的负调控表达。那么在小麦中呢?在研究中,这些信息可能都有保命保毕业的神效,我们应当予以重视。其他有用的信息,你可以自己在网站上摸索。

当然,这里介绍水稻工作不是让大家来模仿,而是希望为大家提供一些有用的信息,让你对你做的基因多一分的了解,少走些弯路。

文末附上数据库连接:

https://funricegenes.github.io/

参考文献:Yao W , Li G , Yu Y , et al. funRiceGenes dataset for comprehensive understanding and application of rice functional genes[J]. GigaScience, 2017, 7(1):gix119.

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20190821A008XT00?refer=cp_1026
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