小麦生信菜鸟（三）-常见问题

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本期作者：Rui Wang

上次把小麦最新的物理图谱介绍了一下，群里最近有小伙伴经常讨论一些相关的问题，我就找了两个比较有代表性的跟大家探讨一下。

1.接着上次咱们那个case study，我们的QTL markers与在RefSeq 1.0上的物理图谱之间线性关系很差，那我们该怎么办呢？

(1).还记得我们这个小麦生信系列的第一篇（小麦生信必备网站和数据库一）给大家介绍的那个万能数据库GrainGenes吧，除了RefSeq1.0以外，还有很多其它数据库啊。假如我们的QTL在A或者B genome上，那可以对Zavitan（公众号对这个数据库有介绍：野生二粒小麦基因组在science发布；野生二粒小麦基因组下载）进行BLAST啊，如下图

出来的结果如下，红色方框处就是物理图谱的位置。我没有找到这个genome的可视化网站（JBrowse），大家有知道的请在留言处告知。

(2).假如这个QTL是在D genome上，也可以在GrainGenes对节节麦的两个不同版本的数据库进行BLAST（我们的公众号也有介绍：Nature在线发表小麦D基因组供体——粗山羊草的基因组研究论文；又一篇节节麦基因组文章来袭--聊一聊你的关注点在哪？）。当然也可以去官方网站进行BLAST http://aegilops.wheat.ucdavis.edu/ATGSP/blast.php，出来的结果跟上图差不多，首先找到我们这个marker所对应的物理图谱位置。然后进入下面这个JBrowse可视化网站，在红色方框处手动输入上面所找出来的物理位置，就可以查看相关的信息了。这个D genome JBrowse用法跟小麦那个是一样的，大家在上面多花些时间，同样可以找出很多有用的东西。

http://aegilops.wheat.ucdavis.edu/jbrowse/index.html?data=Aet%2Fdata%2F&loc

更多的对这个数据库的使用请参见我们以前的另一篇推送（节节麦基因组数据使用和下载）

(3)，实在找不到好的相关性，那也不要气馁，我们还有各种小麦的近亲和远亲啊，这些数据库在我们上次介绍的IWGSC那个BLAST数据库都可以选择，或者在GrainGenes，EnsemblePlants里也都有。利用这些数据库有的时候不仅可以找到更好的线性关系或者candidate gene，有时也可以帮助更好的理解candidate gene的进化等等各方面信息，我们以后会结合EnsemblePlants里Compara功能给大家介绍一下这方面的信息。下图是GrainGenes里各种数据库的页面。

2.现在QTL的文章已经海量了，我们做出的结果跟前人研究有什么关系呢？

其实思路很简单，那就是找到前人那个基因或者marker的序列在我们所谈到过的数据库中进行BLAST来确定它们的物理位置，这样就可以很直观的比较跟我们的QTL之间的距离了。

(1).在NCBI上找已克隆的小麦基因序列：（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/）。这个大家应该比较熟悉，我就直接贴一个结果图，我搜的是“Wheat Q”，结果中第一个就是，点进去就可以找到相关信息和序列了。

(2).前人的研究多用的是SSR marker或者DArT marker：

首先再提一下GrainGenes这个数据库，基本上所有的SSR marker信息和引物序列都可以在这个网站上找到，而DArT marker的序列我只能在发表的文章中找，还不知道哪个网站能把所有的DArT marker序列全列出来（知道的小伙伴赶紧分享给大家吧）。找到这些序列以后就可以直接去BLAST了，不过SSR marker这里需要注意一件事情：一般找出来的序列都只是两个引物的序列，也就20-30bp，进行BLAST的时候经常不能得到结果，是因为默认的Basic search程序E value非常低。这时就需要用advanced search来手动调节一下E value的阈值，一般调到10就行了。当然，在advanced search中还有很多其它设置选项，大家可以多调节一下，看看搜出来的结果会有什么不同（这里又不得不说GrainGenes数据库的BLAST，这个BLAST用basic search搜SSR引物序列一般是没问题的，反正这几天IWGSC的BLAST也不能用，大家都来用GrainGenes吧）。

(3).但如果找不到SSR引物或DArT序列怎么办？再说每次都得一个一个找，多麻烦啊！有没有一个一劳永逸的办法呢！办法肯定是有的，就是在开始的时候稍微得花点时间，看看我们群里有没有大公无私的小伙伴为我们做一下分享给大家。方法就是按照我们上次介绍的IWGSC RefSeq1.0的JBrowse中，选定一条染色体后，放到最小的view（整条染色体），数据库就会给出整条染色体的所有相关marker，然后点击下图中的那个小三角，再点击“save track data”就能下载这条染色体中所有的marker（90K, SSR, DArT需要分三次下载）。有了这个文件，我们以后拿到任何一个marker名字，在这个文件中一搜就找到了。大家可以每人认领一条或几条染色体，然后最后再整理到一起！

今天小编就不额外加干货了，大家如果没过瘾，可以再把今天引用的五篇以前的推送好好看一下，保证有收获！