9月18日至22日,第22界全国肿瘤学大会暨2019年中国临床肿瘤学会(CSCO)学术年会在厦门国际会议中心隆重召开。作为国内最盛大的肿瘤学学术会议,CSCO2019吸引了全球约3万名业内人士的热情参与。会议期间,围绕“创新精准研究、探索智慧医疗”的主题,600余位国内外讲者畅所欲言,为大家奉献了一场肿瘤学的知识盛宴。与此同时,众多参展企业也向世界展示了在创新药物、智慧医疗、临床检测等方向上产业化的最新进展和未来方向。
赛乐基因作为CSCO 2019参展商,在本次大会上隆重推出了其最新自主研发的BaseNumber生物信息分析平台及BaseNumber Germline胚系变异检测流程。该流程目前可处理WGS、WES及Target Panel数据。凭借其极致的运算速度、精准的变异识别,BaseNumber吸引了大量与会者的目光。
图:赛乐基因参展CSCO 2019
赛乐基因向参观者现场演示了BaseNumber Germline在16分钟内完成一个37X人类WGS数据二级分析的全过程(从FASTQ.GZ文件到VCF文件);与传统的“CPU服务器+开源软件”方案比较,提高速度达140倍,且检测结果与业界使用最广泛的GATK Best Practice高度一致。许多来自临床检测公司、科研单位、药企、医疗机构的专家在参观完产品演示后纷纷表示BaseNumber Germline在高准确性的基础上分析速度如此之快超出了他们的预期。
图:与会者参观赛乐基因展台
BaseNumber分析平台由赛乐基因基于CUDA架构研发,通过设计超高并行度的分析算法及高吞吐的内存管理模块,充分利用了GPU SIMT计算模型的优势。相比于传统的服务器集群解决方案,BaseNumber平台一个计算节点可以取代数十台CPU服务器节点,能极大节省用户消耗在IT系统建设和维护上的成本。
图:BaseNumber一体机及Germline胚系变异检测流程
随着新一代测序技术的不断发展,测序速度大幅提升、成本急剧下降,NGS数据生物信息分析在计算效率与成本控制等方面正面临愈来愈多的挑战。赛乐基因的技术与产品为解决目前NGS生物信息分析“慢”且“贵”的问题提供了一套创新、有效的解决方案,助力NGS在肿瘤学研究和临床实践中的广泛应用。
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10月11日~12日,“第六届国际三维基因组学研讨会”将在清华大学召开。
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