GEO数据挖掘多物作种基因注释文件整合R代码

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上次笔者讲了要多物种整合GEO数据分析,来做数掘挖掘,由于当时笔者是在一文献看的,作者是使用的工具做的,具体的流程笔者也不是很清楚,可能是他们国外实验室的人搞的吧。

不过笔者今天实验了这个功能 ,要实现数据整合,二个GEO不通的物种数据必须整合,笔者通过R写了代码 ,终于实现,

首先,我们从人类affy_hg_u95av2平台中检索人类基因符号:1434_at,1888_s_at。比如说你要创新一点,要看当下的鸡感染的病毒会不会致癌,并提供它们在鸡中同源物的标识符

代码。

> human=useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")Checking attributes and filters ... ok> chicken=useMart("ensembl", dataset="ggallus_gene_ensembl")Checking attributes and filters ... ok>out = getLDS(attributes=c("affy_hg_u95av2","hgnc_symbol"), filters="affy_hg_u95av2", values=c("1888_s_at",“1434_at"),mart=human,attributesL="affy_chicken", martL=chicken)> outV1 V2 V31 1434_at PTEN GgaAffx.25913.1.S1_a2 1888_s_at KIT Gga.606.1.S1_at

真的很开心,成功了。后面的事就好做了,今天到此为止。

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  • 原文链接:http://kuaibao.qq.com/s/20171216B035CK00?refer=cp_1026

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