GEO数据挖掘多物作种基因注释文件整合R代码

医知圈

关注医知圈 yizhiquan120，点击右下角微服务里面的【投稿、爆料】报料身边事。被医知圈微信公众号采用按点击量获得10-50元报料奖！

上次笔者讲了要多物种整合GEO数据分析，来做数掘挖掘，由于当时笔者是在一文献看的，作者是使用的工具做的，具体的流程笔者也不是很清楚，可能是他们国外实验室的人搞的吧。

不过笔者今天实验了这个功能 ，要实现数据整合，二个GEO不通的物种数据必须整合，笔者通过R写了代码 ，终于实现，

首先，我们从人类affy_hg_u95av2平台中检索人类基因符号：1434_at，1888_s_at。比如说你要创新一点，要看当下的鸡感染的病毒会不会致癌，并提供它们在鸡中同源物的标识符

代码。

> human=useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")Checking attributes and filters ... ok> chicken=useMart("ensembl", dataset="ggallus_gene_ensembl")Checking attributes and filters ... ok>out = getLDS(attributes=c("affy_hg_u95av2","hgnc_symbol"), filters="affy_hg_u95av2", values=c("1888_s_at",“1434_at"),mart=human,attributesL="affy_chicken", martL=chicken)> outV1 V2 V31 1434_at PTEN GgaAffx.25913.1.S1_a2 1888_s_at KIT Gga.606.1.S1_at

真的很开心，成功了。后面的事就好做了，今天到此为止。