如何查询物种基因组大小

上周迎来了铺天盖地的2017年终盘点盛宴，看过别人家的科研成果后，大家有没有把自己手头的材料也测一测基因组序列的冲动？不要激动，先让小编先给你分享几个常见的基因组大小查询网站，帮您查查看这个物种的基因组信息有哪些。

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NCBI搜索Genome

网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

NCBI上进行物种基因组信息搜索是目前最常见，也是信息较全的一种方法。

（1）进入NCBI网页后（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），选择Genome搜索。

（2）Genome数据库中检索物种关键词，例如搜索人类基因组，输入human；

（4）如果希望进一步了解该物种基因组组装情况，可以进入“Genome Assembly and Annotation report”，在表格中可以看到该物种目前已有的组装版本，以及对应的基因组大小、染色体情况、注释的基因和蛋白数量等信息。

（5）点击“Assembly”中的组装结果，例如GCA_000001405.26，可以搜索该版本组装结果，在该页面中将展示物种在这一版本组装的详细信息，包括提交单位、物种名、提交时间、组装方法、组装水平，以及最终获得的组装大小和N50指标。

通过以上几个步骤，你就可以在NCBI Genome数据库中找到目标物种的基因组信息，当然，前提条件是该数据已经提交到NCBI中。除了以上这种简单操作外，如果希望进行分类检索，也可以选择在“Browse By Organism”中进行检索：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse#!/overview/，其中将基因组数据分为了真核生物、原核生物、病毒、质体以及细胞器六大类，可以根据目标进行检索。

2

植物基因组数据库Plant genomes

网址：http://plabipd.de/index.ep

除了NCBI这种简单好用的数据库检索外，偶尔我们会碰到对某一个种水平或者属水平的物种基因组进行汇总，这种情况下使用NCBI就会显得略有不便，这里小编给大家推荐一个专门进行植物基因组检索的网站Plant genomes（http://plabipd.de/index.ep），在该数据库中可以根据发表时间、进化关系进行检索。

（1）按照Timeline perspective进行检索

放大或缩小该页面可以检索不同时间发表的植物基因组，该网站在检索内将已发表物种分为了双子叶植物、单子叶植物、非被子植物以及藻类四大类，每个发表的植物基因组都有对应的时间、基因组大小、发表期刊信息，这些信息一目了然，也方便我们进行对应文献的阅读。

（2）按照Phylogenetic perspective进行检索

进化关系分类中将已发表的植物按照进化关系进行排列，而且同属的归到一起，方便进行某个特定种属文献的调研。

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动物基因组大小数据库

上述两种方法记录的通常的文献已发表的数据资料，包含了详细的基因组大小以及组装指标信息，但是有些物种的研究受限于其他因素导致无法进行基因组测序，这种情况下，研究人员通常会采用流式细胞术进行基因组大小测序，通过C-value换算出基因组大小。C值含义：生物单倍体基因组中DNA总量，单位通常是pg，换算成碱基数，1pg约为0.978 Gb。

Animal Genome Size Database目前已经收藏了6222个物种的基因组大小数据，包括3793个脊椎动物和2429个非脊椎动物，其中最小的基因组为短体线虫（Pratylenchus coffeae）的20Mb，最大的基因组为石花肺鱼（Protopterus aethiopicus）的132.83Gb。通过Search Data可以对目标物种进行基因组信息检索，具体如下：

（1）输入物种名

（2）检索页面内会出现查询到的物种相关信息，包括种属信息、C值、染色体数以及对应参考文献，如下图所示，检索草鱼基因组，C值显示为1.00，表明其基因组大小约978Mb。

以上给大家简单介绍了基因组信息检索的三大数据库，大家如果感兴趣，可以马上打开浏览器试试手啦！除此之外，还有很多针对某个物种搭建的数据库，例如水稻基因组数据库（https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/）、玉米基因组数据库（https://archive.maizegdb.org/）、斑马鱼数据库（http://www.sanger.ac.uk/science/data/zebrafish-genome-project）等等，在实际项目过程中，各位小伙伴也可以根据自己的实际需求在PubMed中输入“关键词+genome”或者“关键词+assembly”进行检索，最终选择一个最合适的方法。

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