别人的电子书，你的电子书，都在bookdown

在Bookdown的官网，有很多免费的用写的R书籍，如Hadley Wickham等撰写的《R for Data Science》，Roger D. Peng撰写的《R Programming for Data Science》, 陈总的《液体活检口袋书》，益辉的《R语言忍者秘笈》，《单细胞数据整体分析流程》https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html (初学单细胞分析可以完全照着这个，在学习过程中改进)。

下面分2步讲述，自己如何构建一个Bookdown书籍，第一部分是通过bookdown示例了解其基本功能和使用，第二部分是个人在使用过程中碰到的问题和解决方式。

基本使用安装必须软件

或二选一, 必须安装。

Install (安装和使用见Rstudio)

Install 或者参照here。如果系统新，可以直接使用系统自带的或；如果没有权限或系统比较老，Pandoc的安装可以使用conda，具体配置见Conda配置，配置好运行即可安装。

In R

Demo示例

克隆或下载https://github.com/rstudio/bookdown-demo示例文件，编译成功后，依葫芦画葫芦修改.

编译成书

运行下载的示例中的，目录下就是成书.

The content of is:

在前面的内容运转起来后，再看后面的内容。

Customize our bookdown准备文件基本规则

一个典型的文档包含多个章节，每个章节在一个文件里面 (文件的语法可以是支持的语法，但后缀必须为)。

每一个章节都必须以开头。后面可以跟一段概括性语句，概述本章的内容，方便理解，同时也防止二级标题出现在这一页。默认系统会按照文件名的顺序合并文件。

另外章节的顺序也可在文件中通过指定。

如果有，总是出现在第一个位置。通常index.Rmd里面也需要有一章节，如果不需要对这一章节编号的话，可以写作, 关键是。

在第一个出现的文件中 (通常是)，可以定义相关的, 比如标题、作者、日期等 (去掉#及其后的内容)。

插入并引用图片(外部图片)

插入图片最好使用，可以同时适配HTML和PDF输出。另外当目录下同时存在和文件时，会自动选择在HTML展示文件，在输出中引入格式的文件。

图的标签为(不能有下划线)，在引用时需使用如下格式，且也要设置内容。

多张图可以同时展示，图的名字以vector形式传给，需要设置 和 。

如果图或表的标题中有Markdown语法，输出为HTML时是可以正确解析的，但是输出为PDF时却不可以。这时可以使用。当图或表的标题太长时，也可以使用引用一段话作为图和表的标题。

输出PDF时不支持使用在线图片，可以加一个判断。

插入并引用表格(外部表格)

外部表格的名字中必须包含, 然后是表格的实际名字，格式为; 引用时使用。 表格名字中不能有下划线。

插入并引用表格(内部表格)

插入表格推荐使用，只要提供数据矩阵，用读取就可以了。

插入脚注

is used to get the footnote.

插入引文

假如我们的文件中内容如下，如果我们要引用这个文章，只要写 就可以了。

准备YML配置文件_bookdown.yml

配置输入和输出文件参数。

_output.yml

配置产生输出文件的命令行参数。

其它定制

不同的文件分别用于和输出

配置全局变量自适应和输出

保留生成的markdown文件

包含子文件 (subfile.txt)

cahce external file ref

预览生成的WEB文件

如果没有安装Rstudio，可以在生成的book目录(有的目录)下运行 (11521为端口号，一般选较大值避免冲突), 然后就可以在浏览器输入网址来访问了。

References

https://bookdown.org/yihui/bookdown/get-started.html

https://github.com/rstudio/bookdown/tree/master/inst/examples

http://stackoverflow.com/questions/25236850/how-to-set-different-global-options-in-knitr-and-rstudio-for-word-and-html

Multiple output with different configs https://github.com/yihui/knitr/issues/1145

Multiple output with different configs https://github.com/yihui/knitr/issues/114://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/614

Citation style http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_bibliographies_and_citations.html

Save markdown http://stackoverflow.com/questions/19989325/knit-rmd-file-to-md-and-save-the-md-file-one-level-up-with-a-different-name

PDF online pic http://www.pzhao.org/zh/post/bookdown-tips/

精品回顾

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