lncRNA数据库专题-lncRNAdb

本周是lncRNA相关的数据库专题,原本对于工具类的专题,应该是以使用方法为主要中心点来展开,但是lncRNAdb的使用其实非常简单,因此本文会对其多做一些背景及信息介绍。lncRNAdb是一个非常重要的lncRNA的数据库,不同于其他的提供算法的lncRNA数据库,lncRNAdb是人工整理的具备生物学功能证据的lncRNA数据库。因此lncRNAdb的资料可信度很高,2014年lncRNAdb已经作为第三方专业数据接入RNAcentral中。HGNC引用lncRNAdb作为其lncRNA资料的一部分,NONCODE也把lncRNAdb作为第三方专业数据来源。截止到2014年,lncRNAdb所收录的lncRNA数目为283个,包含921个参考文献与260个核酸序列,这些lncRNA覆盖了71个不同的物种。

lncRNAdb数据库,是一个真核生物的lncRNA综合数据库。它包括特异的序列结构信息,如转录本、基因组位置、表达、亚细胞定位和保守位点以及相关的功能和疾病。同时还将给出lncRNA相关的文献证据的pubmedl链接以及在基因组位置信息的UCSC链接。

对于经典的lncRNA,lncRNAdb都可以检索的出来。但是对于较新的lncRNA,这个数据库有可能就无法及时收录了,此时如果需要检索lncRNA信息,可以采用两个思路,第一个是使用UCSC的genome browser,这样就可以获得lncRNA的别名及序列等信息。第二个就是去pubmed或Google学术上搜索此lncRNA,查看是否有关其相关位置、别名和序列的信息,然后再进行UCSC检索或lncRNAdb检索。参考资料lncRNAdb: a reference database for long noncoding RNAs. Nucleic Acids Research.lncRNAdb v2.0: expanding the reference database for functional long noncoding RNAs. Nucleic Acids Research.如何查lncRNA序列?(小张聊科研)

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