不做实验发文章N步曲之PPI网络

之前我们已经把差异表达基因筛选出来了,接下来就是要利用这种基因搞事了。非常喜欢那些文章中的PPI网络(protein-protein interaction network),所以第一个就是写的它。需要利用到在线STRING数据库和软件cytoscape,运行cytoscape之前要先安装Java,具体的安装过程百度一下就能搜索到了。

买的教程里只教了怎么用cytoscape绘制PPI,却没说绘制PPI的那些node和edge的参数是哪里来的。本来是想用STRING出的一个R包写代码做出来再搞点大事的,结果看着包的说明书写到一半R死活连不上网了,半路夭折,最后屈服直接用了STRING数据库在线分析。

下面是整个过程的小视频。

假装此处有视频。老规矩,百度云链接:https://pan.baidu.com/s/1bprt0Wf 密码:0x54。周四的推送中说的GO和KEGG相亲相爱一家人,大家可以仔细看看STRING数据库,有惊喜哦,或者可以去DAVID操作一下,非常傻瓜式的操作,一看就会的那种。

要开始准备其他事了,过一段时间说不定就会开始更新文献了,数据挖掘也会继续更的,挖掘机开得好,哪有墙角挖不倒(哈哈哈哈,哪有文章发不了)。

不会搞科研的医生不是好厨子,欢迎大家来厨房找我玩。

下期预告:不做实验发文章N步曲之你猜。

  • 发表于:
  • 原文链接:http://kuaibao.qq.com/s/20180107G0AENU00?refer=cp_1026

相关快讯

扫码关注云+社区