KNIME+悟空云平台,助您数据分析一臂之两力

最近学习一款新的软件,KNIME,官网地址:https://www.knime.com/。发现其处理以后的数据结果,很适合用悟空云平台(http://www.omicsolution.org/wu-kong-beta-linux/main/)进行数据后处理部分。现做些许的分享。

#缘起

说KNIME是新软件,只是对本人而言(这款软件问世已久)。这款软件在2年前我学习openswath系列的时候接触过,但是那时没有花时间学习,近期群里有位小伙伴在问这个,看她夸这款软件(KNIME很好的整合了openMS)这么好,自己好奇也就去学习下,再看看能不能帮助其解决问题。初学完以后,发现着实不错~~

#软件简介

首先可以到官网去了解下:https://www.knime.com/。在那里可以进行软件下载,感兴趣的也可以加入他们建的community进行交流和询问。也可以去看下这个牛牛的团队(https://www.knime.com/team)。最重要的是,该软件免费!其slogan是:Open for innovation。

简言之,该软件类似于一个集装箱,里面装满了各个小小的模块,每次你想使用什么就调用什么。比如搭建一个处理代谢组谱图数据的流程:

图中每一个小模块都可以看成是一个函数,其完成某一种功能。这点悟空云平台倒是不谋而合。所以你可以根据自己的需求调用想用的模块,完成你的数据分析任务。

#软件功能简介

该软件功能十分强大,单就我们蛋白质组和代谢组方向,其是可以处理谱图数据的搜库,比如说DDA数据搜库,DIA数据搜库,代谢物结合HMDB数据库进行鉴定等等。在该软件中还可以进行R语言代码编写,运算后的结果可以传递到下一个模块进行继续分析和计算。

#软件学习

其官网有详细的学习资料(https://www.knime.com/resources),感兴趣的可自行下载,然后您需要的就是静下心来,认真学习,关于软件使用这里暂时就不多言了。

读到这里,您可能会想,说半天,人家的KNIME什么都可以做,跟你的悟空云平台有啥子关系么?!

确实,用KNIME能做很多的分析,但是我上面说“您需要的就是静下心来,认真学习”,这句话的另一个意思就是,该款软件操作使用相对麻烦一点,稍不留心就会报错(不是人家软件问题,而是您自己操作或者参数设置不当导致的),并且对于不少非生信出身的小伙伴,本身做实验就已经很累了,还让他们去编写那么多代码,这有点“欺人太甚”!

(百度图片)

所以,这时候悟空云平台就可以帮助您解决数据分析的后半部分,而且其中不少模块也是KNIME软件中暂时没有的。【这里啰嗦一句,很多人觉得悟空云平台只是一个数据处理的平台,其实不然,那只是其中一个功能而已。当你学习某一种方法时,可以到平台去先翻看下,点点看看,她可以给你一些更加直观的体验和感受!相信会有助于你进一步的学习和理解~~】

所以这里个人的建议是:

谱图数据(不管是蛋白质组的还是代谢组的)使用KNIME软件进行分析,得到的表格结果数据使用悟空云平台处理。KNIME + 悟空云平台,可以作为一种数据分析的选择,提高数据分析的速度与效率。

本人致力于打造一款国内较为实用的数据分析平台(http://www.omicsolution.org/wu-kong-beta-linux/main/),为广大国内有需求的小伙伴提供帮助,也感谢大家关注转发,以求帮助更多的人,谢谢

关注一下又不会怀孕,哈哈。。。

平台目前包含的工具(还在持续更新中...):

  • 发表于:
  • 原文链接:http://kuaibao.qq.com/s/20180124G0G24G00?refer=cp_1026

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