基于药效团的靶标预测

一. 简介

Ligandscout-Expert以KNIME为界面提供了Ligandscout的全部功能：基于结构的药效团识别、基于配体的药效团识别、构象搜索、虚拟筛选、分子对接、数据集准备、化合物获取、专利搜索、文献搜索、作用谱分析。靶标预测就是用了Ligandscout KNIME的Ligand Profile的作用谱分析功能：将一个化合物与很多、不同靶标的药效团进行匹配，预测其可能的生物活性与靶点。

二. 准备工作

软件： Ligandscout-Expert （Ligandscout Knime界面）

药效团数据库：自己平常积累，或者向墨灵格索要药效团数据库（仅限Expert用户）

三. 使用流程

使用作用谱分析共走流： 打开KKNIME , 双击Target Profiling工作流

图1. Target Profiling工作流

2. 在Query处读入要预测靶标的化合物mol2文件，也可以是其它的文件格式比如sdf，SMILES等。

3. 点击Report处，设定预测结果报告的文件名与保存位置。

4. 点击Execute all Executable node命令，开始预测靶标，并生成报告。

图2. 执行预测命令

5. 预测报告是一份Excel文件，内容样式如下：

图3. 报告样式

内容包含:

（1）PDBID：生成该基于结构药效团所使用的PDB结构代码。

（2）Fitness：化合物与药效团的匹配程度。

（3）Model：药效团。

（4）CHAI-Site：生成药效团所用的PDB结构结合位点。

（5）Uniprot_AC：该药效团对应的蛋白UNIPROT获取号（检索号）。

（6）Uniprot_ID: 该药效团对应的蛋白UNIPROT ID号。

（7）Uniprot Name：该药效团对应的蛋白靶标名称。

（8）Rank：靶标的打分排序。

根据蛋白的信息，可以了解到对应的疾病、功能。

四、如何创建自己的药效团数据库

在使用Ligandscout时，将生成或验证过的药效团模型保存到即可。