大数据给癌症研究带来革命性变化

癌症研究人员曾对唐纳德•特朗普替换美国国家癌症研究所(NCI)主任 Harold Varmus 感到紧张。但在去年 6 月份,事实证明他们的担心是毫无根据的,因为特朗普选择了 Norman “Ned” Sharpless 接手 NCI。

现年 51 岁的 Sharpless 曾担任北卡罗来纳大学莱恩伯格综合癌症中心主任:他也是临床医生,建立了两个生物技术公司,并管理着一个专注于基础研究实验室,致力于 p16 蛋白研究(该蛋白对细胞分裂和衰老至关重要)。

Sharpless 于去年 10 月走马上任,接过了 NCI 的重担。他花了两个月分析和了解这个经费高达 57 亿美元的研究所的信息。例如,他曾与 6 位在世的 NCI 前所长、NCI 的受让人以及内部员工交谈过。

近日,在接受媒体专访时,Sharpless 提到了三个他认为很重要的领域:大数据、基础研究,以及将发现转化为设备和治疗。他表示,自己也一直在思考如何支持年轻研究者的事业,这也是 NCI 的母机构、国立卫生研究院(NIH)长期思考的问题。

IBM 计划使用沃森超级计算机指导癌症治疗,但备受争议。当被问及如何看待大数据时,Sharpless 表示,100% 相信人工智能和机器学习将会对癌症研究和癌症治疗产生巨大影响。“(在北卡罗来纳大学),我们利用沃森计算机组织了与新疗法有关的文献,以便分子肿瘤委员会依据基因突变决定给病人提供什么药物。重点是它就像 100 万个助手,非常快,那是超级有用的。”

Sharpless 还提到,数据资料的提取和整理是最难的部分。“让学生阅读图表并把基因数据抽象出来太慢了,所以这些使用自然语言处理和提取记录的工具非常有用。这将会给我们带来百万患者的临床注释和基因组数据集合,允许我们做真正需要做的事情。”他说。

当被提及是否担忧 2018 财年特朗普政府大幅削减 NIH 预算的计划时,Sharpless 指出,自己有义务支持总统的预算案。而且,国会对 NIH 预算的承诺是好的。在过去两年里,预算已经大幅增加,而初步看来 2018 财年的预算也很有希望。“我认为预算上的挑战是真实存在的。因为如果你考虑到癌症的负担或者社会的成本,那么 57 亿美元是不够的。”

在对年轻研究人员的资助方面,Sharpless 表示,NCI 一直在考虑给一些新的年轻研究人员一个长期的研究资助基金。该机构会提出一个新的一揽子计划。如果被批准的话,他们将获得 2 年的额外资金。“这一过程或多或少只是为了确保他们仍在进步。”

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