LncRNA 数据库专题-starBase

starBase（网址：http://starbase.sysu.edu.cn/）由中山大学团队开发，用来研究由大规模 CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) 产生的lncRNA, miRNA, ceRNA, RNA-bingding protein 和mRNA互作网络的数据库，其中的数据包含了14中tumor samples，超过了6000个样本。starBase也可以用来研究Protein-RNA，miRNA-target interactions (protein-lncRNA, protein-sncRNA, protein-mRNA, protein-pseudogene, miRNA-lncRNA, miRNA-mRNA, miRNA-circRNA, miRNA-pseudogene, miRNA-sncRNA interactions and ceRNA networks等)。starBase也可以用来预测ncRNA和protein-coding gene的功能。StarBase是做lncRNA, circRNA, microRNA等研究常用的强大数据库，作用包括以下4点：

一、根据microRNA找非编码RNA（lncRNA，circRNA，psuedogene, sncRNA）二、根据microRNA找mRNA靶点三、查找ceRNA调控分子四、查找RNA的结合蛋白

一、根据microRNA找非编码RNA这里以CircRNA为例，选择物种类群（mammal or worm）, genome, assembly, 以及严谨度（low, medium, high, and very high），最后可以输入CircRNA的名字，点击search。这里我把CircRNA留白，直接搜索，可以看到一共有137316个条目，可以点击旁边的export导出：点击Targetsite可以看到详细信息：二、根据microRNA找mRNA靶点以miRNA-mRNA interactions为例，可以默认下面的选项，点击搜索可以看到一共条目数：423975，点击DEK基因的CancerNum可以看到hsa-miR-200b-3p与14中cancer type的相关性等详细信息三、查找ceRNA调控分子以抑癌基因tp53为例点击FZD4(protein_coding)还可以链接到NCBI的数据库四、查找RNA的结合蛋白以protein-lncRNA互作为例，搜索MALAT1可以得到30个结果，点击PTB基因的cancerNum可以看到PTB-MALAT1互作在不同cancer type中的相关性和显著性。

本文作者：华农qians参考资料

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