孙老湿这些年用过的65种R语言包汇总！附评论

R是个开源软件，任何人都可以发布自己写的包，目前统计共有14,122个包发表在 CRAN, BioConductor和Github中。

本周孙老师梳理了数据分析中常用的分析包集合，供参考，难免有所疏漏，欢迎补充。

孙老湿R包推荐08-1：

可视化

R绘图系统主要有两个体系，传统的Graphics和Grid体系，基本所有的绘图包都是基于这两个体系，其中著名的lattice和ggplot2都是基于grid体系，其他有些包是对lattice和ggplot的封装。

ggplot2

使用频率最高的绘图包

ggthemr

ggplot主题设置

ggthemes

ggplot主题设置

gridextra

ggplot绘图多图组合

ggsignif

ggplot插件，给boxplot添加显著性标注

lattice

常用绘图包

graphics

R基础绘图包

igraph

绘制网络图

circlize

绘制circos图

rCircos

绘制circos图

corrplot

相关性矩阵可视化

pheatmap

heatmap可视化

Complexheatmap

heatmap可视化

ggtree

绘制进化树

vennDiagram

绘制venn图

rgl

3D图可视化

cairo

高质量png、tiff、pdf图片保存

孙老湿R包推荐08-2：

数据清洗

数据分析过程中，有80%的时间都是在做数据整合和清洗，一个好的封装包，能使我们事半功倍，比如dplyr和tidyr：

dplyr

数据清洗神器

tidyr

数据融合神器

reshape2

数据融合

rlist

list数据类型处理工具箱

孙老湿R包推荐08-3：

颜色设置

发表文章不光是要数据可靠，图形同样需要好看，才能引人注目，自然少不了图形配色，其中的佼佼者RColorBrewer：

RColorBrewer

配色神器，和ggplot2绝配

colorspace

另一款颜色设置包

viridis

又一款颜色设置神器

孙老湿R包推荐08-4:

统计分析

R的另一个重要功能，怎能少了统计分析，常规的统计R基础函数自然搞得的定，但是有些专业领域不乏优秀开发者的贡献，比如回归分析之glmnet、psych，生态分析之vegan、ade4等，数据挖掘之e1071、randomForest、caret等等：

vegan

生态学数据分析，vegdist函数计算各种距离，NMDS、RDA、CCA等分析

psych

统计分析

car

统计分析

glm

广义线性模型

glmnet

线性回归模型，LASSO回归，正则化

pwr

功效分析

ade4

生态学数据分析，PCA、PCoA等分析

ape

聚类以及进化分析

DEseq2

RNA表达谱分析

edgeR

RNA表达谱分析

e1071

数据挖掘之SVM分析

randomForest

数据挖掘之随机森林

caret

数据挖掘之分类

和回归

survival

生存分析

clusterProfiler

基因富集分析

GSVA

基因富集分析

Hmist

数据分析，函数Cs很有用，Cs(so, it, goes) 产生c("so", "it", "goes")

scales

颜色、数学符号转换

broom

统计结果自动化收集整理

孙老湿R包推荐08-5:

字符串处理

字符串处理并不是R的强项，但是并不代表R不能做，比如优秀的stringr、stringi。

stringr

字符串处理

stringi

字符串处理

R自带的函数grep、grepl、sub、gsub

字符串处理

孙老湿R包推荐08-6:

数据读取

分析数据的第一步，就是把数据导入到R中，大部分情况下R自带的read.*系列可以搞定，但是R自带函数读取大数据特别慢，又怎能少的了read.table。

read.table/read.csv

R基础读取文件函数

read.table

较大数据读取、处理，比data.frame速度快很多

readr

读取txt、csv文件

readxl

读取excel文件

rvest

网站爬取

xml2

读取XML文件

孙老湿R包推荐08-7:

时间序列

时间序列的处理永远是那么的麻烦，感谢lubridate、zoo。

lubridate

时间序列处理

zoo

时间序列处理

孙老湿R包推荐08-8:

其他

除了上述常用的包之外，还有一些优秀的R包，比如R包开发相关的devtools、testthat、roxygen2，管道符操作magrittr，自动化报告生成rmarkdown等。

devtools

R包开发必备

testthat

开发的R函数、程序测试

roxygen2

R包开发

magrittr

提供管道符操作

GetoptLong

R脚本参数设置

log4r

R脚本写日志的包

futile.logger

R脚本写日志的包

glue

可以用 的方式替换paste函数

foreach

R循环（dopar可以并行运行），返回list，注意和for的区别

riterators

迭代器，

减少内存使用

rmarkdown

批量生成报告，

非常实用

/End.