换种姿势做PPI分析

有很多同学在留言区询问如何预测和研究蛋白的相互作用，今天就把发篇文章给大家介绍下。蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体（protein complex）的过程。在进行数据挖掘的时候往往会得到很多的差异表达的基因，当你对着一堆基因毫无头绪时，此时PPI数据库对你的数据挖掘起了很大的助攻作用。常用的PPI分析数据库有STRING，bioGRID，然而在分析时其功能也是有一定的局限性，所以今天我给大家这个数据库在预测分析上功能更加强大，废话不多说，直接往下看。

该数据库名字叫做GeNets（网址：http://apps.broadinstitute.org/genets#），我们可以利用这个数据通过机器学习方法对差异基因（你寻找的一组差异基因）进行分析，找出其关键基因以及信号通路；同时该数据库也可以通过聚类讲寻找到的差异基因进行聚类；更人性化的是可以长期保存你所输入的一组数据，每次用的时候直接调用数据就可以了。（进入数据库后直接简单注册就能免费使用， 推荐使用谷歌浏览器）。

进入数据库后选择快速可视化选项，基因列表可以选择你以前保存的，也可以选择粘贴新的，将需要分析的基因列表粘贴进去即可在网络选择中可以选择GEO数据库作为数据的训练集，同时也可选择Web3（包括多个数据库，推荐使用），选好之后直接点绿色图标就可以了。

该图就是你所分析的数据库，点击箭头3所指向的链接即可对输入的基因列表进行可视化。

可视化结果如下图：其中不同的颜色代表不同的分类，通过机器学习的方法将其聚类到不同的疾病模型和信号通路上，点击箭头1所指向的区域可以查看富集分析的结果。

同时将页面下拉可以得到具体的分析结果，同时得到对输入基因进行注释的结果：

点击GENE SET ANALYSIS中的pre-GWAS分析可以得到下面的结果：

好了，今天先给大家介绍到这，该数据库还有很多其他的分析，如果感兴趣可以去尝试下怎么使用。

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