LncRNA文章是如何优雅地数据挖掘的？

是不是觉得现在LncRNA还算火，就觉得能随便灌水了呢？其实灌一篇也不容易。

当然，今天讲的这篇蚊帐跟LncRNA灌水毫无关系！（你也灌不起这样的）首先他们做了点数据库挖掘，找到了可能有价值的LncRNA，顺便发现这个LncRNA在小鼠和斑马鱼里都有同源基因：

要知道，一篇蚊帐里，数据的挖掘是很有必要的，这篇里面用的工具也不在少数：

但是有人要说了，数据挖掘不都是灌水的么？！有什么价值和意义呢！这个我们最后再说哈。先继续讲这篇文献。由于分析下来，这个基因主要在睾丸中表达，于是做了一下原位表达的功课：

而且由于挖出这个基因的数据，有一部分是来自TCGA，于是顺便再看了看它在肿瘤中的作用：

这部分其实是使用数据库来进行数据挖掘验证工作，当然他们也分析了这个LncRNA敲减后，肿瘤细胞的表型实验，结果都是：这玩意敲减后，就能抑制肿瘤细胞增殖。

既然已经有表型的验证，那接下去，就要研究机制了。具体这LncRNA是跟什么基因作用的呢？这种时候只能用RNA Pulldown之类实验来验证说明：

于是发现这基因啊，能跟一个叫IGF2BP1的蛋白互作。当然，作为有保守型的LncRNA，他们就顺便做了一下斑马鱼的。由于IGF2BP1有已知的下游基因，于是他们用敲减和过表达的互补实验来验证了LncRNA与这些靶基因的上下游关系：

通过分别敲减LncRNA和IGF2BP1，验证了这俩调控的蛋白基本差不多。这次是真的做了二代测序了：

也就是说，这个LncRNA和IGF2BP1可能是共同调控靶基因的。当然也不排除，真就那么巧……

既然都做到这里了，于是就要补体内实验了，体内实验其实也要遵循柯霍氏法则的，也就是过表达和敲减，当然他们用了CRISPR，验证了斑马鱼：

这个模型有点复杂，不光是敲出了斑马鱼的这个LncRNA，而且还导入另一个诱导表达的癌基因。也就是看这基因敲出后，对肿瘤影响。首先发现是，这个LncRNA由于是睾丸中高表达的，所以，敲减后，斑马鱼的生育能力就咖喱给给了……但是敲减后，诱导肿瘤发生，却发现太监了的斑马鱼，居然抑制了肿瘤生长。

同样，在斑马鱼中过表达人的这个LncRNA后，肿瘤又回来了。

人啊，总是要有取舍的……

华丽丽的分割线

李莫愁博士：这篇蚊帐是LncRNA的研究，其实思路挺简单的：

就是通过数据挖掘找到基因，然后验证，接着分析机制，就这么简单。啥？这种还数据挖掘的，肯定就是灌水？你可拉倒吧，你灌一个我看看：

当然，如果是一篇简单的灌水蚊帐的话，这样的思路起码也能到Oncotarget了。但这篇蚊帐在各个环节更加细致，更加到位。用到了大量的生物模型不说，各个节点都进行了反复验证。所以才能上Cell！

有人说数据挖掘没用，都是灌水，其实有的也确实是。为啥？因为有的大数据验证完，结果发现等于没说。比如，大数据发现，《芳华》的观影人群比《战狼II》的观影人群消费了更多的热饮，然后推测说：《芳华》是一部更治愈的电影，而《战狼II》由于剧情比较激烈，所以更需要冷饮来刺激观众神经。这就是灌水的蚊帐，为啥？因为瞎子都知道《战狼II》是夏天上映的，喝热饮纯粹特喵有病……