R语言生态学进化树推断物种分化历史：分类单元数与时间关系、支系图可视化

全文链接：http://tecdat.cn/?p=31434

我们将用到分类单元数-时间图（Lineages-through-time plot）,该图可以用来描述物种多样化的总体趋势。

相关视频

数据

3500trees.nexus是nexus格式的文件，里面有3500棵树。

besttree.nexus也是nexus格式的文件，里面有1颗树，是从3500颗树中筛选出来的一致树。

各支系图示

这棵树总共有4大支系（Lineage），现在我需要做的分析都是需要分别做总的，以及4个支系的，也就是说同样的分析要做5次，针对5组不同的对象。

分析方法

方法主要是物种多样化速率(diversificationrate) 相关的内容。