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上一期内容提到了BayesPrism算法用于单细胞数据的反卷积,BayesPrism算法在实际应用中非常占用计算资源以及消耗使用者的时间。那么是否有较好的替代包...
贝叶斯棱镜法作为一种工具可以根据scRNA数据(作为先验模型)去推断bulkRNA数据中肿瘤微环境组成(不同免疫细胞组分/不同细胞群)和基因表达情况。
在正式分析之前,对于数据的处理是至关重要的,这种重要性是体现在很多方面,其中有一点是要求分析者采用正确的数据类型。
在做基础实验的时候,研究者都希望能够改变各种条件来进行对比分析,从而探索自己所感兴趣的方向。
开发者对它的功能定义主要侧重于绘制描述性表格,可以显示多个变量的平均值、标准差、分位数或频率,以及运用统计学方法计算各组之间的P值。
在进行CIBERSORT分析的时候,关键的一步是根据内置的22种免疫细胞基因表达特征数据结合自己的表达矩阵文件计算每一个样本中的免疫细胞浸润情况。
针对每个癌症的全部基因批量了做了单基因的cox分析,挑选统计学显著的去对应的癌症去打分,看看是否有单细胞亚群特异性。
做完单细胞差异基因分析(FindMarkers/FindAllmarkers)之后,按照常规流程绘制出来的火山图看上去会很奇怪。
临床预测模型,又可称“预后模型(prognostic models)”、“风险评分(risk scores)”或“预测规则(prediction rules)”...
科研绘图
临床预测模型
TCGA
科研基础知识
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