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利用“MatrixEQTL”包进行eQTL实战分析

在上一期内容中，米老鼠和大家介绍了eQTL的相关概念和分析原理，今天我就带大家用“MatrixEQTL”进行一下实战演练。

生信与临床 2022-08-212022-08-21 17:05:25

原理

表达数量性状位点（eQTL）的概念及其相关分析原理

表达数量性状位点（expression quantitative trait locus, eQTL）是一类能够影响基因表达量的遗传位点（大部分都是单核苷酸多态...

生信与临床 2022-08-212022-08-21 17:05:03

数据库、sql

值得借鉴的eQTL可视化形式

eQTL的分析结果本质就是一些调控基因表达的SNP位点，在结果展示时，最经典的可视化方式如下

生信修炼手册 2019-12-172019-12-17 16:15:31

网站

eQTL:连接突变与基因表达的桥梁

在高等生物中，很多的重要性状都为数量形状，比如农作物的产量，人类复杂疾病（高血液，糖尿病)等等。对于这些数量性状而言，往往受到多个基因的调控作用。为了更好的开展...

生信修炼手册 2019-12-192019-12-19 12:59:07

线性回归

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析

Matrix是一款经典的eQTL分析软件，可以支持cis和trans-eQTL的分析，官网如下

生信修炼手册 2019-12-192019-12-19 13:00:45

编程算法

scQTLbase——人类单细胞eQTL数据库

文章：Ding, R., Wang, Q., Gong, L., Zhang, T., Zou, X., Xiong, K., ... & Li, L. (20...

生信技能树 2024-03-252024-03-25 15:36:40

数据库、可视化、浏览器、数据、搜索

R语言实现eQTL分析

今天给大家介绍一个GWAS分析过程中的一个重要的环节eQTL（表达数量性状位点）分析。eQTL指的是染色体上一些能特定调控mRNA和蛋白质表达水平的区域，其mR...

一粒沙 2019-07-312019-07-31 11:41:22

r 语言

用 FastQTL 进行 cis-eQTL 分析

上周给大家介绍了 Matrix eQTL 的用法，它利用高效的矩阵运算实现了在很短的时间内完成关联分析。在 eqtl 分析中，我们对每个基因都进行了大量检验，所...

生信菜鸟团 2020-05-202020-05-20 16:35:28

编程算法

eQTL hotspot : eQTL热点区域

众所周知，eQTL分为了cis-eQTL和trans-eQTL两种作用方式，cis模式下只能调控临近的基因，而trans模式突破了距离限制，在该模式下一个eQT...

生信修炼手册 2019-12-182019-12-18 17:56:06

go、ld、plot

ncRNA-eQTL:eQTL与ncRNA的碰撞

ncRNA-eQTL数据库专注于研究不同肿瘤中调控ncRNA表达量的eQTL, 通过TCGA数据库获取不同肿瘤中的SNP分型信息，以及lncRNA和miRNA的...

生信修炼手册 2019-12-182019-12-18 17:54:40

数据库、sql

用 Matrix eQTL 进行 eQTL 分析

eQTL 分析是常用的多组学整合分析方法，使我们可以将基因表达水平的变化与基因型联系起来，有助于揭示生命系统的生理生化过程，发现导致某些疾病的遗传因素，以及确定...

生信菜鸟团 2020-05-202020-05-20 16:42:22

编程算法

FUMA：基因关联的功能图谱和注释

SNP2GENE 功能将 GWAS 统计摘要作为输入，并为主导 SNPs 确定的基因组区域中的所有 SNPs 提供广泛的功能注释。

生信菜鸟团 2024-07-312024-07-31 19:21:23

统计、字符串、com、编码、数据

跟着Nature学作图:R语言ggtern包做三元相图展示不同变异类型对遗传力的贡献比例

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9

用户7010445 2023-08-232023-08-23 10:50:43

image、png、论文、数据、学习笔记

3DSNP | 非编码SNP 3维功能预测

对于 SNP 的功能，之前在 [[SNP是什么东西？]]当中介绍的时候，提到过对于编码区的 SNP，可以通过影响蛋白翻译来影响基因的变化，而对于非编码区的 SN...

医学数据库百科 2021-12-092021-12-09 16:57:15

图像处理、https、网络安全、数据库、sql

学习Nature正刊论文中eQTL分析前对基因表达量的预处理

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9

用户7010445 2024-06-072024-06-07 19:34:24

函数、论文、数据、filter、变量

CancerImmunityQTL: 泛癌免疫浸润数据库

肿瘤免疫浸润细胞作为肿瘤微环境的组成部分与肿瘤进展、预后和对免疫治疗的反应相关。本篇NAR数据库旨在识免疫有关的eQTL，评估泛癌中遗传变异（SNP）对免疫细胞...

作图丫 2022-03-282022-03-28 14:54:59

unity、数据库、sql

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利用“MatrixEQTL”包进行eQTL实战分析

表达数量性状位点（eQTL）的概念及其相关分析原理

值得借鉴的eQTL可视化形式

eQTL:连接突变与基因表达的桥梁

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析

scQTLbase——人类单细胞eQTL数据库

R语言实现eQTL分析

用 FastQTL 进行 cis-eQTL 分析

eQTL hotspot : eQTL热点区域

ncRNA-eQTL:eQTL与ncRNA的碰撞

用 Matrix eQTL 进行 eQTL 分析

FUMA：基因关联的功能图谱和注释

跟着Nature学作图:R语言ggtern包做三元相图展示不同变异类型对遗传力的贡献比例

3DSNP | 非编码SNP 3维功能预测

学习Nature正刊论文中eQTL分析前对基因表达量的预处理

CancerImmunityQTL: 泛癌免疫浸润数据库

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