阿凡亮

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关于k-mer与基因组(组装)的那些事

随着越来越多物种的基因组被测序发表,极大丰富了我们对物种起源、进化等方面的认知,同时也为各种物种的研究打下了基础。但是在面对复杂基因组时或者参考基因组并未发表的...

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基于机器学习的蛋白质亚细胞定位预测

蛋白质是生命活动的主要承担者,也是组成人体一切细胞、组织的重要成分。研究表明,所有蛋白质有对应的亚细胞器,不同功能的蛋白质只有存在于特定的亚细胞器,才能正常发挥...

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深入浅出介绍植物miRNA预测软件miRDP-2

上期介绍了植物miRNA的鉴定标准, 通过这些标准就可以通过sRNA-Seq对植物的miRNA进行鉴定, 但自己通过写代码完成这个标准不仅费时费力,而且还会出现...

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密码子使用偏性的分析方法介绍

DNA通过转录,控制着mRNA的合成,而mRNA是蛋白质合成的模板,它决定了蛋白质的序列结构、功能等信息。把mRNA看作一种语言,它由4种不同碱基的核苷酸组成(...

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植物miRNA的鉴定原理

由上面的介绍我们知道miRNA是由可以折叠成茎环结构的的RNA产生的,由此我们可以想到只要预测基因组序列中可以折叠成茎环结构的区域就可以对miRNA进行预测了,...

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git:分布式备份你的代码

Git是目前世界上最先进的分布式版本控制系统(没有之一)。参见:https://www.liaoxuefeng.com/wiki/896043488029600...

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教你用clusterProfiler实现其它来源富集结果的可视化

在对功能富集分析的结果进行可视化的时候,大家肯定都听过Y叔的R包clusterProfiler,这个包可以说是富集分析结果可视化的神器,不仅画出来的图好看,而且...

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只用一行来颠覆你处理文件的方式

引言:生物信息学文件多样,通常我们会遇到各种将不同格式进行转换或者把文件修改成我们想要的那种格式的需求,不懂生信的小伙伴们会请教会生信的小伙伴,其实会生信的同学...

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Numba向量运算的强大

Hi! 大家好,又和大家见面了。上次给大家介绍了Numba中一句话加速for循环的@jit加速你的python脚本,今天继续给大家介绍另外一个我觉得很不错的Nu...

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Linux入门之文件权限解密

Linux系统中的每个文件和目录都有访问许可权限,用以确定谁可以通过何种方式对文件和目录进行访问和操作。要想流畅的使用Linux系统,掌握文件权限管理必不可少。...

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如何使程序在Linux后台运行

这样一来,test程序就在后台运行了。但是,这样处理还不够,因为这样做虽然程序是在后台运行了,但log依然不停的输出到当前终端。因此,要让终端彻底的清静,还应将...

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ChIPseeker对ChIP-seq数据进行注释与可视化

这里我们主要介绍ChIPseeker包用于ChIP-seq数据的注释与可视化,主要分为以下几个部分。

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BioMart下载多个基因的同源基因

上期介绍了怎么通过Ensembl网站下载单个基因的同源基因序列,这期顺着上期的留言介绍一下怎么通过Ensembl网站下载多个基因的直系同源基因,用到的工具是En...

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一步到位-把生信分析装在“盒子”里

每一个做生信的人在安装新软件之前都曾有过期待,这个软件要一次性安装好,可现实往往是残酷的...可见有一个良好的分析环境,对我们的研究效率是有多么的高!

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5个超棒的在线配色神器

在我们做图表或者做PPT的过程中,好的配色可以让人心情愉悦,也可以帮助我们更好的传达出想表达的意思。作为非设计专业的人,现成的的优秀配色方案或者好用的配色工具就...

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谈癌色变?no! 用科学的视角战胜恐慌

中国癌症的发病率现阶段在世界排名近70,发病率最高的国家是欧美等发达国家,中国的发病率并不是最高的,但是中国的发病人数是全球最多的。下图是2018年北京大学公共...

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R入门?从Tidyverse学起!

很多人推荐《R语言实战》这本书来入门R,当然,这本书非常不错,我也是通过这本书开始接触的R。这种入门的学习路径属于base R first,学习的流程基本是先了...

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蛋白质亚细胞定位分析

亚细胞定位是指某种蛋白或某个基因表达产物在细胞内的具体存在部位,包括细胞核、细胞质和细胞膜等部位。传统的实验方法有,利用一些荧光蛋白如GFP、YFP,通过其在激...

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单倍型分析软件Haploview的导入格式及使用

Haplovew目前主要接受:Linkage Format;PHASE format;PLINK format;Hapmap format;Haps fo...

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一文搞定参考基因组序列下载

各位小伙伴我们又见面了,在接下来的日子我们会给大家带来超硬核知识点。请大家带好小板凳,一起认真做笔记吧。

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