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医学和生信笔记

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药物敏感性分析之pRRophetic
药物敏感性分析是生信数据挖掘常用的技能之一，目前做药敏分析最常见的就是两个R包：pRRophetic和oncoPredict。
医学和生信笔记 2023-11-012023-11-01 15:57:18
数据库、测试、函数、模型、数据
计算列线图得分并进行危险分层
大多数情况下都是使用1代表死亡，0代表删失，这个数据集用2代表死亡。在这里没有影响，但有的R包会报错，需要注意！
医学和生信笔记 2023-10-312023-10-31 15:42:53
formula、package、函数、模型、数据
竞争风险模型的列线图和校准曲线
使用casebase中的bmtcrr数据，只使用其中的一部分，并且把字符型变成因子型。
医学和生信笔记 2023-10-262023-10-26 18:26:36
na、package、测试、模型、数据
ROC曲线最佳截点
这个R包计算AUC是基于中位数的，哪一组的中位数大就计算哪一组的AUC，在计算时千万要注意！
医学和生信笔记 2023-10-262023-10-26 18:26:13
proc、roc、变量、函数、数据
最佳截断值确定之cutoff
关于连续性变量最佳截断值的选择，之前介绍了survminer中的surv_cutpoint以及X-tile软件：
医学和生信笔记 2023-10-232023-10-23 15:54:03
线性回归、time、变量、函数、数据
最佳截断值确定之cutoff
关于连续性变量最佳截断值的选择，之前介绍了survminer中的surv_cutpoint以及X-tile软件：
医学和生信笔记 2023-10-232023-10-23 15:54:03
线性回归、time、变量、函数、数据
最佳截断值确定之cutoff
关于连续性变量最佳截断值的选择，之前介绍了survminer中的surv_cutpoint以及X-tile软件：
医学和生信笔记 2023-10-232023-10-23 15:54:03
线性回归、time、变量、函数、数据
WGCNA分类性状处理
这篇推文主要探讨下WGCNA如何处理分类性状。之前已经演示过WGCNA实战了：WGCNA实战：识别免疫相关lncRNA
医学和生信笔记 2023-10-232023-10-23 15:53:33
na、变量、函数、排序、数据
WGCNA分类性状处理
这篇推文主要探讨下WGCNA如何处理分类性状。之前已经演示过WGCNA实战了：WGCNA实战：识别免疫相关lncRNA
医学和生信笔记 2023-10-232023-10-23 15:53:33
na、变量、函数、排序、数据
Publish做亚组分析有问题吗？
Publish包有一个subgroupAnalysis函数也可以实现亚组分析。我在之前的推文中说这个函数有一些问题，所以不推荐使用。
医学和生信笔记 2023-10-102023-10-10 12:50:37
na、publish、变量、函数、数据
医学影像分析常用R包
医学影像是由磁共振成像（MRI），计算机断层扫描（CT）和正电子发射断层扫描（PET）等系统产生的。它们通常是三维的，有时还具有随时间或方向而变化的维度。除此之...
医学和生信笔记 2023-10-042023-10-04 15:23:34
图像处理、工具、函数、可视化、数据
tidymodels之parsnip的强大之处
工作流是tidymodels中非常重要的概念，它可以把模型设定和预处理步骤（在tidymodels中称为配方）连接起来，成为一个整体的对象。
医学和生信笔记 2023-09-262023-09-26 08:09:52
工作流、函数、模型、算法、语法
手动计算logFC（wilcoxon差异分析）
logFC是log fold change的缩写，也就是log之后的差异倍数。这个差异倍数意思是某个基因在A组表达量的平均值是B组表达量平均值的几倍。
医学和生信笔记 2023-09-122023-09-12 18:50:59
diff、dplyr、mean、数据、芯片
R语言机器学习caret-08：过滤法
首先要理解过滤法，其实很简单，就是在建立模型前先根据一些标准把一些变量过滤掉，然后再建模。
医学和生信笔记 2023-08-302023-08-30 13:09:31
机器学习、变量、函数、模型、数据
fuzzyjoin实现模糊匹配连接
fuzzyjoin包是dplyr连接操作的变体，它可以支持模糊（匹配）连接，比如忽略单词之间的大小写，根据正则表达式进行连接，忽略单词的拼写错误等。
医学和生信笔记 2023-08-302023-08-30 13:08:54
正则表达式、join、函数、连接、数据
R语言亚组分析1行代码实现！
本来找了好久没找到可以实现这个功能的R包，都打算自己写个包了，没想到这几天找到了！
医学和生信笔记 2023-08-302023-08-30 13:06:33
plot、变量、模型、事件、数据
R语言亚组分析及森林图绘制
亚组分析的森林图很常见，在各种高分SCI文章中经常见到，其中我最喜欢NEJM的格式，美观，信息量也多。
医学和生信笔记 2023-08-302023-08-30 13:05:40
na、变量、模型、事件、数据
列线图增加彩色风险分层和箭头
关于临床预测模型的基础知识，小编之前已经写过非常详细的教程，包括了临床预测模型的定义、常用评价方法、列线图、ROC曲线、IDI、NRI、校准曲线、决策曲线等。
医学和生信笔记 2023-08-302023-08-30 13:04:49
label、text、函数、模型、数据
WGCNA实战：识别免疫相关lncRNA
前面的推文给大家介绍了3种识别免疫相关lncRNA的方法：免疫相关lncRNA的识别
 医学和生信笔记 2023-08-302023-08-30 13:03:56
module、可视化、连接、数据、网络
免疫相关lncRNA的识别
我在查找免疫相关lncRNA时发现了一个专门的网站：ImmReg: http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/ImmReg/index.j...
医学和生信笔记 2023-08-302023-08-30 13:02:56
网站、函数、数据、搜索、算法

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外科医生，R语言爱好者。
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