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非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)本质上说是一种矩阵分解的方法,对于任意给定的一个非负矩阵V,NMF算...
今天给大家介绍美国加利福尼亚大学Jingyi Jessica Li教授等人发表在Nature Communications上的一篇文章 “An accurate...
在传统的RNA_seq测序中,每个样本取样后实际包含了成千上万个细胞,和单细胞测序的single cell相比,这样的样本称之为bulk samples。在bu...
单细胞RNA测序技术的高通量和敏感性使其非常适合于全面绘制细胞状态的变化。但是在肾脏和其他固体组织中(尤其是对于高上皮含量的组织,以及以细胞外基质为特征的固体组...
不过,虽然SCENIC转录因子分析越来越普通,但它的难度并不会降低,在试图学习这个分析方法之前,我们必须先看看SCENIC转录因子分析的实例,多读文献,总归是没...
不过,虽然细胞通讯分析越来越普通,但它的难度并不会降低,在试图学习这个分析方法之前,大家需要自己提前了解一下:细胞通讯分析的背景知识,而且呢,还得看看细胞通讯分...
目前单细胞转录组领域用的比较多的细胞聚类方法大多是直接从基因表达矩阵推断,但是对于多样本合并分析,很多情况下会出现难以解决的批次效应,例如:
细胞通讯研究领域涵盖的内容很广,如上图所示包括通讯方式、功能、信号分子以及各种途径的机制。细胞之间通讯的介质有很多,例如钙离子、脂质、多肽、蛋白、外泌体以及电信...
多细胞生物由不同类型的细胞组成,单个细胞之间的行为协调需要建立通讯网络。例如生物体的生长发育、分化、各种组织器官的形成、维持以及各种生理活动的协调,都需要高效和...
我其实在Seurat v3官方网站的Vignettes中就曾见过该算法,但并没有太多关注,直到看了北大张泽民团队在2019年10月31日发表于Cell的《Lan...
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、...
作为一个刚刚开始进行单细胞转录组分析的菜鸟,R语言底子没有,有时候除了会copy外,如果你让我写个for循环,我只能cross my fingers。。。。
第三单元第七讲:使用scRNA包学习Monocle2 课程链接在:http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.htm...
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TA 很懒,什么都没有留下╮(╯_╰)╭