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三代测序说

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全基因组 | 三代长读长基因组组装 -- Canu
今天我们介绍一款用于三代长度长测序数据（如PacBio和纳米孔测序）的基因组de novo拼接工具 -- Canu，既适用于小基因组又适用于大基因组的组装，最早...
三代测序说 2025-05-292025-05-29 13:56:47
生物基因
全基因组 | 三代长读长基因组组装 -- Flye
今天我们介绍一款用于三代长度长测序数据（如PacBio和纳米孔测序）的基因组de novo拼接工具 -- Flye，可用于进行小型细菌到哺乳动物基因组的组装。2...
三代测序说 2025-05-272025-05-27 16:36:28
生物基因
三代测序 - 数据质控 | Bamboo
深圳华大基因科技有限公司（华大集团）旗下公司杭州华大序风科技有限公司（CycloneSEQ-华大序风）于2024年3月21日注册成立，致力于通过纳米孔单分子测序...
三代测序说 2025-05-212025-05-21 08:00:28
生物基因
三代测序人物系列 | Jonathan Göke
Jonathan Göke是新加坡基因组研究所（Genome Institute of Singapore ，A-STAR GIS）的课题组负责人，同时也兼任...
三代测序说 2025-03-042025-03-04 11:24:05
生物基因
三代测序人物系列 | Yi Xing (邢毅)
美国费城儿童医院（Children’s Hospital of Philadelphia ，CHOP）计算与基因组医学中心（Center for Computa...
三代测序说 2025-02-272025-02-27 11:47:12
生物基因
三代测序 - 数据质控 | LongReadSum
LongReadSum 是美国费城儿童医院Kai Wang教授团队（图1）开发的一款专门针对长读长测序数据设计的快速质控工具（如纳米孔测序、PacBio测序等）...
三代测序说 2025-02-252025-02-25 15:03:00
生物基因
三代测序 - 数据质控 | fastplong
提起二代测序数据质控软件 fastp，相信大家一定不会陌生。作为一款质量控制软件，其从查看碱基质量到过滤、修剪、去接头等全方位的预处理服务，加之高速、易用的特点...
三代测序说 2025-02-242025-02-24 13:54:53
生物基因
三代测序人物系列 | Angela N. Brooks
Brooks教授来自美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（University of California，Santa Cruz， UCSC）巴斯金工程学院（Bask...
三代测序说 2024-09-042024-09-04 11:13:17
生物基因
全长转录组 | ONT Direct RNA测序 (DRS) 技术原理、数据分析和应用
"牛津纳米孔技术公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）开发的第三代测序平台是目前唯一能够直接对天然RNA链进行测序的技术平台...
三代测序说 2024-08-082024-08-08 13:37:46
生物基因
全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- Flair
今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本校正，聚类，可变剪切分析，定量和差异分析为一体的工具 - FLAIR。来自加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（Unive...
三代测序说 2024-04-122024-04-12 15:25:08
生物基因
全长转录组 | 三代全长转录之circRNA（ONT ）-- CIRI-long
目前研究表明，在生物体内，circRNA主要通过其序列特征，发挥miRNA海绵、RNA-binding proteins （RBPs）海绵以及翻译短肽等生物学功...
三代测序说 2024-04-072024-04-07 16:44:55
生物基因
全长转录组 | PacBio 全长转录组测序的时代是否已经来了？ Kinnex full-length RNA Kit测评
记得在我去新加坡参加 Nanopore Community Meeting 2023 回来后（2023年9月31日），PacBio发布了其全套 KINNEX 产...
三代测序说 2024-04-022024-04-02 17:19:56
生物基因
全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- Bambu
今天我们继续介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - Bambu。来自新加坡科技研究局 (A-STAR) 的Jonathan Göke（图1...
三代测序说 2024-03-132024-03-13 08:21:23
生物基因
三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤
当前ONT测序质量虽然有很大的改善，但准确性依然不及二代测序，例如illumina或者BGIseq等。2018-2019年主流芯片R9.4 准确率对于2D re...
三代测序说 2024-03-052024-03-05 10:23:42
生物基因
全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- IsoQuant
今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - IsoQuant。2023年1月2日，康奈尔大学医学院Hagen U. Tilgner团队...
三代测序说 2024-02-222024-02-22 17:37:27
生物基因
微生物全长16S | Full-length 16S Analysis -- PacBio Hifi Reads
16S核糖体RNA（16S ribosomal RNA），简称16S rRNA，是原核生物核糖体中30S亚基的组成部分。16S rRNA基因存在于所有细菌的基因...
三代测序说 2024-02-092024-02-09 11:41:18
生物基因
全长转录组 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全长转录组分析流程 -- 数据质控和预处理
ONT全长转录组测序是指基于牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代测序平台进行的全长转录组测序。利用三代测序平台...
三代测序说 2024-02-052024-02-05 10:54:39
生物基因
全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （3）-- SQANTI3 v5.2
Functional IsoTranscriptomics (FIT) 是美国弗罗里达大学（University of Florida）Ana Conesa 教...
三代测序说 2024-01-282024-01-28 12:30:19
生物基因
全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （2） -- pigeon
Isoseq 数据分析第一部分我们最后使用了isoseq cluster 获得了聚类后高质量的转录本，但是我们仍然不知道这些经过聚类的转录本在基因组的位置以及属...
三代测序说 2024-01-262024-01-26 08:12:04
生物基因
全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （1）
很多物种的转录本非常多样和复杂，绝大多数真核生物基因不符合“一基因一转录本”的模式，这些基因往往存在多种可变剪切（Alternative splicing，AS...
三代测序说 2024-01-232024-01-23 19:54:30
生物基因

个人简介

三代测序建库和生物信息学分析 | 讲师
山一大青年教师一枚，从事测序工作多年，致力于三代测序技术的教育与推广！
生物基因
Binghamton University | 生物技术
暂未填写个人网址
山东省 | 济南市
加入社区时间：2021-05-10

个人成就

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