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宏基因组数据的荟萃分析是一种综合多个独立宏基因组研究结果的方法,目的是揭示不同人群或样本中微生物群落的共同特征和差异。这种方法特别适用于跨区域、跨人群的大规模比...
pROC::roc函数能够使用一个指标(predictor)去区分两个或多个分组(response),并计算95%置信区间的原理基于以下几个关键点:
数据分析:宏基因组的荟萃分析之MMUPHinmp.weixin.qq.com/s/-XXLLkKYqlgx7j3NxAKY8w
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生信初学者教程(癌症转录组学) : https://bioinformatic-learner.github.io/BCT-page/ 提供了预览版本。
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分析流程涉及到众多的软件以及R包等,为了更方便配置该环境,建议使用anaconda软件安装。anaconda是包管理工具,可以将软件作为其包进行安装管理,并且可...
使用 ggplot2 包画箱线图通常使用 geom_boxplot() 函数。箱线图(Boxplot)是一种用于展示一组数据分布特征的图形,它能够提供以下信息:
计算配对微生物在组间的相关关系波动情况进而评估不同分组的微生物状态。secom_linear 函数可以评估不同分组(例如,健康组与疾病组)中微生物分类群之间的线...
本文通过多元方差分析和典型相关分析研究微生物(species)、细胞因子(cytokine)和短链脂肪酸(SCFA)之间的相关关系。以下是两种分析的定义:
Alpha多样性主要关注的是样品内部的多样性,即一个特定区域或生态系统内的物种丰富度和均匀度。它的原理是通过统计一个群落中不同物种的数量和相对丰度来评估该群落的...
森林图是一种常用于展示多个研究结果的统计图表。它显示了各个研究的效应量(effect size)或优势比(odds ratio, OR)以及它们的95%置信区间...
Lin, Huang, et al. [@lin2024effect],本文的研究重点是探讨性行为对HIV-1血清转换的影响,以及肠道微生物组和促炎细胞因子在这...
置换检验是一种非参数统计方法,它不依赖于数据的分布形态,因此特别适用于小样本数据集,尤其是当样本总体分布未知或不符合传统参数检验的假设条件时。置换检验的基本思想...
全球范围内,乳腺癌是导致癌症发病率和死亡率的主要疾病之一。根据2018年全球癌症统计报告的估计,乳腺癌是女性中第二常见的恶性肿瘤,占所有女性癌症的11.6%以上...
显著性检验方法,通常也被称为假设检验方法,是统计学中用于评估样本统计量是否显著不同于某个假设值的一种重要工具。以下是假设检验方法使用时需要考虑的三个条件的书面化...
差异分析在转录组数据分析中占据着举足轻重的地位,是揭示基因表达变化的关键步骤。然而,面对众多如DESeq2、limma和edgeR等转录组分析R包,分析人员常常...
转录组分析是一种用于研究细胞或组织中所有RNA分子的表达水平的高通量技术。完成转录组分析后,科学家们通常需要通过定量实时聚合酶链式反应(qRT-PCR)来验证二...
在本教程中,我们将使用R包ggpubr中的ggdotchart 函数来可视化与MSM个体中性伴侣数量相关的LefSe生物标志物: biomarkers: ./d...
在这里,我们将介绍一个Python脚本evaluation_kfold.py,该脚本实现了random forest model模型,用于评估微生物群落分类组成...
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