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在本教程中,我们将使用R包ggpubr中的ggdotchart 函数来可视化与MSM个体中性伴侣数量相关的LefSe生物标志物: biomarkers: ./d...
在这里,我们将介绍一个Python脚本evaluation_kfold.py,该脚本实现了random forest model模型,用于评估微生物群落分类组成...
现在 Nearing, Douglas et al. Nature Comm. Microbiome differential abundance method...
使用一个Python脚本mosaic_plot.py,以及一个包含MSM 和 Non-MSM个体相关的物种的表格,这些物种被识别为革兰氏阴性或非革兰氏阴性,在t...
complexheatmap_plotting_funcs.R来自于R可视化:微生物相对丰度或富集热图可视化参考章节,它提供了充足的说明
本教程是使用一个Python脚本来分析多种微生物(即strains, species, genus等)的共现模式。
本教程旨在使用基于R的函数以及Python脚本来估计使用MetaPhlAn profile的微生物群落的Beta多样性
本教程使用基于R的函数来估计微生物群落的香农指数和丰富度,使用MetaPhlAn profile数据。估计结果进一步进行了可视化,并与元数据关联,以测试统计显著...
用于复现Huang et al.研究分析的计算工作流程,所有复现数据和代码:生信学习者。
在宏基因组分析流程的开始阶段,首要任务是检查原始测序数据的质量。这一步包括对数据的完整性、文件格式、序列长度、测序质量(如Q值、GC含量等)以及潜在的测序错误或...
热图(Heatmap)是一种数据可视化方法,它通过颜色的深浅或色调的变化来展示数据的分布和密度。在微生物学领域,热图常用于表示微生物在不同分组(如不同的环境、时...
液相色谱-质谱串联(LC-MS/MS)是一种高效且灵敏的分析技术,广泛应用于多个领域中的化合物检测、鉴定和定量。在残留化合物检测方面,LC-MS/MS能够精确识...
在生物信息学(生信)领域,随着高通量测序技术的不断发展,大量数据涌现,为科研工作者提供了丰富的资源。然而,对于初学者而言,如何从海量的数据中挖掘有价值的信息,并...
Kallisto和Salmon在RNA-seq数据分析中,相比于包含hisat2和STAR等软件的流程,展现出更高的处理速度。这主要归因于它们基于转录组序列re...
在R语言中,安装R包是数据分析过程中不可或缺的一部分。当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时,你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而,...
在生物信息学研究中,公共测序数据资源的获取对于科研项目的进展至关重要。虽然NCBI的SRA(Sequence Read Archive)数据库提供了大量的测序数...
直方图是一种对数据分布情况进行可视化的图形,它是二维统计图表,对应两个坐标分别是统计样本以及该样本对应的某个属性如频率等度量。
方差分析(ANOVA)是一种统计方法,用于比较两组或多组数据之间的均值差异。在R语言中,实现方差分析主要涉及到以下步骤:
批次效应是在处理样本过程中因为技术因素引入的变量。通常我们不可能一次性由同一个人或同一台测序仪对所有样本进行测序,不同批次的样本它们之间可能存在较大的技术差异,...
生存分析的目的是分析某个时间点的“生存概率”是多少。基于这样的研究目的,需要提供生存数据,它是一种由不同的开始时间和结束时间组成的事件-时间的数据,比如在癌症研...
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