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CellChat是一个专门用于分析细胞间通信的强大工具,现在也是支持空间转录组的分析了。🧐
该工具包结合了最新的生物学知识库和单细胞表达数据,通过识别配体-受体相互作用来揭示细胞间的信号传递关系。💪
CellChat 2 现在支持多种数据类型,除了单细胞转录组数据(scRNA-seq),还扩展支持 空间转录组数据(spatial transcriptomic...
TrendCatcher是一个用于RNA-seq数据动态通路行为分析的R包,尤其适合比较两组数据(例如对照组与处理组)在多个时间点的通路变化差异。💪
今天继续之前的TrendCatcher,大家做完时序上的差异基因,然后就是想知道这些基因的功能,这就要用到富集分析了。🧐
TrendCatcher 是一个专门用于识别时间序列数据中关键趋势变化的 R 包,特别适用于动态的生物学或医学研究场景,如单细胞转录组测序数据的时间或伪时间序列...
在这个美好的中秋佳节,愿你的生活如月光般明亮,事业如圆月般圆满,心中永远充满温暖与喜悦。😀
运行RunFindAllMarker从Seurat调用FindAllMarkers。😘
没什么想再说的了,就到这吧,今天是新版的CytoTRACE,简单易用,大家学起来。😘
今天继续之前的hdWGCNA教程,做完了前面的模块分割、鉴定,该和各种traits相关起来啦。😂
今天讲一下机器学习的神包,Mime1,之所以写这个名字,是怕大家和Mime包混淆,影响安装。😂
在这里,我们将group.by对每种细胞类型进行One-versus-all分析。🦀
今天没什么废话,主要讲讲如何用pseudobulk data做hdWGCNA。🙃
明明是认真的完成了自己的工作,不过总有人觉得你过的太舒服,非要让你过上牛马一样的生活,他才觉得是正常的,真是不能理解。🙃
好久没更了,今天写一下hdWGCNA吧,单细胞和空间转录组都能用到的高级分析。🧐
分享一下最近看到的2篇paper关于骨骼肌组织的细胞Marker,绝对的Atlas级好东西。👍
GeneSelect是基于使用Python进行特征选择的。所以第一次用的时候需要安装相应的Python模块,需要为包创建工作环境。
CatBoost和XGBoost、LightGBM并称为GBDT的三大主流神器,都是在GBDT算法框架下的一种改进实现。
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