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申请开通组学平台

腾讯健康组学平台环境管理相关功能均通过 控制台 进行访问,团队管理员可在控制台环境管理页执行环境的新建、查看、删除等操作。
在环境管理页面,单击前往申请,跳转至 腾讯健康组学平台申请 页面,完善相关信息(联系方式、公司名称等),提交申请后,我们会尽快完成审核,审核结果会通过短信和站内信发送。同时,为了提供更好的服务,我们的架构师会与您联系。




新建环境

组学环境简介
组学平台的正常运行依赖于底层云环境资源的支持(包含计算资源如容器服务 TKE Serverless、存储资源对象存储 COS、文件存储 CFS 等),准备好相关云资源后,组学平台可以快速、便捷、高效地帮助您利用选定的腾讯云资源进行组学相关数据分析。因此,在正式开始分析任务之前,您需要在腾讯云创建运行环境。在展开分析任务时,您可以根据需要选择合适的环境运行您的应用。



组学环境选型
组学平台提供两种环境类型供您选型:组学托管环境和组学标准环境,选型可参考下表信息:
产品选型
组学托管环境
组学标准环境
特点
完全 Serverless
一站式服务
安全沙箱容器
支持管理节点
网络互通
全栈业务场景支持
管理节点
无管理节点费用,按实际任务运行时长计费
支持管理节点,计算资源按实际任务运行时常计费
应用场景
适用于高稳定性、规模化、弹性峰值的生产计算任务
支持安全沙箱容器,提供测试隔离环境,便于开发调试
适用于生信分析全业务场景
支持管理节点,计算资源按实际任务运行时长计费
支持腾讯云同账号下产品之间网络通
工作流引擎
Nextflow, WDL, Snakemake
Nextflow, WDL
批量投递
支持
支持
缓存管理
支持精细化缓存管理
支持一键清理
Call Caching
支持
支持
新建环境
点击新建环境,在弹窗中选择适合的环境类型:



1. 如选择创建组学托管环境,可参考以下内容配置环境参数:
环境名称 环境名称不超过50个字符。
所在地域 目前支持选择广州、上海或北京的集群。建议选择地理位置上靠近您的地域,与存储桶在同一地域,以降低访问延时、提高下载速度,避免产生跨地域流量费用。
默认缓存卷类型 作为组学平台计算缓存,可根据分析规模选择不同性能的缓存卷(基于文件存储CFS提供服务)类型,支持的缓存卷类型有四种,包括通用标准型、通用性能型、Turbo 标准型和 Turbo 性能型,关于四种类型文件存储的性能、规格和特性,可参见文档 缓存文件管理 - 缓存卷性能与规格 进行对比。在创建环境时,需指定默认缓存卷类型,后续可根据需要新建其他缓存卷。
默认环境
默认环境为全部用户都有投递任务权限的环境,默认绑定所有工作项目。对于非默认环境,管理者需对于工作项目绑定运行环境后,对应工作项目有该环境的投递权限。



2. 如选择创建组学标准环境,可参考以下内容配置环境参数:
选择基础配置
环境名称 环境名称不超过50个字符。
所在地域 目前支持选择广州、上海或北京的集群。建议选择地理位置上靠近您的地域,与存储桶在同一地域,以降低访问延时、提高下载速度,避免产生跨地域流量费用。
可用区
根据您选择的地域,我们提供了该地域下不同的可用区供您选择,可在新建环境页面查看当前可选可用区列表。
管理节点
为了用户安全方便使用腾讯健康组学平台,创建组学标准环境时,将在用户的腾讯云账号下自动创建 1 台 CVM 实例和1台组学计算容器实例,并部署成管理节点,管理节点跟随当前开通的标准环境一同创建和销毁,您无需要管理。管理节点规格及配置如下:
资源类型
规格
配置
数量
参考费用
CVM
SA3.MEDIUM8
2核 vCPU,8GB内存
1台
0.35元/小时
组学计算
Pod
1核 vCPU,8GB内存
1个
CPU:0.12元/核/小时 内存:0.05元/GiB/小时
注意:
如长期不使用组学标准环境投递生信分析任务,请及时删除并释放组学标准环境,避免产生不必要的资源浪费及费用。
默认缓存卷类型 作为组学平台计算缓存,可根据分析规模选择不同性能的文件存储(CFS)存储类型。支持的文件存储类型有四种,包括通用标准型、通用性能型、Turbo 标准型和 Turbo 性能型,关于四种类型文件存储的性能、规格和特性,可参见文档 文件存储 > 存储类型及性能规格 进行对比。



如选择 Turbo 类型,会弹出存储量选择条,Turbo 标准型存储量选择范围在 20TiB 到 1000TiB 之间,Turbo 性能型存储量选择范围在 10TiB 到 500TiB 之间。存储量选择为必选。如选择其他类型,无需对存储量进行选择。



默认环境
默认环境为全部用户都有投递任务权限的环境,默认绑定所有工作项目。对于非默认环境,管理者需对于工作项目绑定运行环境后,对应工作项目有该环境的投递权限。
环境描述 非必填项,用户可在环境描述中备注环境的用途、关联项目等信息。
设置网络、配额和默认设置
私有网络:该字段展示所在地域下您已创建的全部 VPC 网络,请选择合适的网络作为此环境的私有网络,若无可用网络信息或现有网络不合适,可跳转至控制台新建私有网络,详情请参见 私有网络(VPC),私有网络中的子网将用于 serverless 集群的容器网络。
Service CIDR:集群的 ClusterIP Service 默认分配在所选 VPC 子网中,请尽量选择 IP 数量充足且与其他产品使用无冲突的子网。
安全组:安全组具有防火墙的功能,可限制工作负载的网络通信,请为工作负载绑定的安全组配置运行必要的网络规则。如地域内无有效安全组,可以去控制台 创建安全组
调度器:组学环境提供 Kubernetes 作为调度器。




添加镜像访问凭证

容器镜像默认私有,为了您在腾讯容器镜像仓库中的镜像能在组学平台环境中正常使用,在创建环境时,需添加环境对应的镜像访问凭证,建立镜像实例与组学平台环境之间的关联,步骤如下:

步骤一

在环境管理页,单击环境名称,跳转至该环境的详情页。




步骤二

在环境详情页,单击镜像仓库访问凭证模块右上角的添加凭证,显示添加镜像访问凭证弹窗。




步骤三

在添加镜像访问凭证弹窗内,需要先选择需要关联的镜像实例对应的地域。如显示的实例列表为空,需单击添加镜像仓库,前往 控制台 > 容器镜像服务 TCR 先创建待关联的镜像实例,创建完成后,回到组学平台环境管理详情页面,刷新弹窗内列表后可查看和选择相应镜像实例。
说明:
镜像实例中通常包含多个镜像仓库,同一个镜像实例中的所有镜像仓库共用同一个镜像访问凭证。
注意:
镜像实例地域默认选择与组学计算环境一致的地域,如选择其他地域,关联企业版镜像实例,在使用时可能会产生外网访问流量费用。



镜像凭证下发过程需要一定的时间,下发过程中,镜像凭证为“下发中”状态,待状态更新为已下发状态,该镜像凭证开始生效。




更新镜像访问凭证配置

如您在容器镜像服务中删除与组学环境相关联的访问凭证,为确保该实例下的镜像可正常使用,需更新访问凭证配置。单击待更新凭证对应操作选项更新配置,显示更新配置弹窗。



在访问凭证更新配置弹窗内,输入实例用户名和初始化密码或新凭证密码即可完成配置更新,再次下发凭证。



获取用于更新镜像访问凭证的密码有两种方式:通过镜像实例初始化密码更新凭证配置通过新建实例凭证,获取新密码更新凭证配置

方式一:通过镜像实例初始化密码更新凭证配置

1. 在控制台 > 容器镜像服务页面,进入实例管理页面,单击实例概况菜单右上角选项初始化实例,显示初始化实例弹窗。



2. 按需配置网络和命名空间后,在初始化实例第三步:获取访问凭证添加描述,完成信息确认。



3. 完成信息确认后,显示登录用户及登录密码,保存密码。




方式二:通过新建镜像访问凭证,获取新密码更新凭证配置

1. 进入控制台-容器镜像服务,选择访问凭证栏用户级账号,显示用户级账号镜像访问凭证列表页,单击右上角新建选项,显示新建凭证弹窗。



2. 新建访问凭证后,保存访问凭证登录密码,该密码可用于更新访问凭证配置。




查看环境

查看环境状态
在环境管理页,显示环境列表,可查看各个环境的状态。环境状态分为5种,包括创建中(包含新建和重建)、运行中删除中异常创建失败。单击创建失败附近感叹号图标,可查看报错摘要。
对于状态为创建中的环境,单击详情查询,可查询创建各项环境创建进程,如创建失败,鼠标悬停至原因列,显示具体失败原因。
详情页面支持查看环境状态、容器集群资源量、文件存储使用量/总容量、文件存储吞吐上限。
支持对环境进行删除操作。



查看环境详情
环境管理页,对于运行中和异常状态下的环境,用户可通过单击待对应环境 ID 查看环境详情。
环境基本信息页面显示环境各项配置参数、集群类型、创建时间等信息。




删除环境

在环境管理页面,单击待删除环境行对应操作栏的删除键,将显示删除环境弹窗。弹窗中包含该环境的各项资源类型、ID 和是否可删除的属性,其中部分资源不可删除,鼠标悬停在不可删除,显示不可删除该资源的原因。
如需删除某一环境,需在弹窗底部 ID 输入框内手动输入该资源 ID ,确认后删除该环境,环境相关资源将会被删除或解除与组学平台环境的关联。(属性为“不可删除”的资源类型将解除与组学平台环境的关联,但不会被删除,其他类型资源将被删除。)



注意:
您在控制台创建组学平台运行环境后,为维持组学平台正常运行,会消耗部分底层云资源,产生相应费用。为避免不必要的浪费,长期不用的环境需及时删除,以释放相应资源。

绑定项目和环境

在新建项目或项目设置弹窗内,可通过绑定项目和运行环境来指定该项目可用的运行环境。




选择环境

在工作项目具体应用的运行设置页面(相关操作可参见 应用),可选择运行环境(单选),无法选择不可用的环境(置灰选项)。