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BWA-MEM是李恒大神于2010在bioinformatics发布的一款比对软件
C4看起来不像中性粒细胞呀,其中RPL5、RPS12、RPL13、RPL4、RPL10和RPL23A都是核糖体相关蛋白而非中性粒细胞特异性marker,此外HL...
vcf2maf 是由 Cyriac Kandoth 主导开发的一款用于将 VCF (Variant Call Format) 文件转换为 MAF (Mutati...
分析植物适应环境变化和胁迫反应的分子机制对植物生物技术至关重要。其中关键方法包括生物信息学方法、高通量测序和后基因组技术。测序和系统生物学方法提供了从分子到细胞...
Limma基于线性模型,通过使用贝叶斯方法估计每个基因的差异方差。它使用经验贝叶斯方法来将信息从所有基因中借用,特别是在样本较少时提高估计的稳定性。
GEO2R 是一个交互式网络工具,允许用户比较GEO系列中的两组或多组样品间鉴定在实验条件下差异表达的基因。GEO2R 使用 DESeq2 、GEOquery ...
前面我们介绍了,annovar的基本用法,并输出了注释结果,今天我们进一步了解下注释所用到的数据库以及结果解读
这里我画的确实不咋美观呢【此外,似乎原文的marker不是按照top基因来选的?】
中性粒细胞是人外周血中数量最多的白细胞,它专门捕捉和杀死微生物,这一过程被称为吞噬作用。吞噬细胞不止一种,而中性粒细胞是最具杀伤力的吞噬细胞。它们能迅速移动进入...
MACS3 是由Liu Tao 主导开发的一款ChIP-Seq 数据分析工具,作为 MACS 系列软件的第三代版本,MACS3 继承并扩展了前两代软件的功能,成...
cell2location的原理图:cell2location是一个分层贝叶斯模型,需要使用单细胞数据作为参考,对空间转录组数据进行解卷积。
胰腺腺泡细胞癌 (PACC) 是一种罕见肿瘤,占胰腺外分泌肿瘤的 1%-2%,其病因和风险因素尚不明确。研究团队希望进一步了解胰腺腺泡细胞癌 (PACC) 的遗...
最近分析了一批RNA-seq的测序数据,发现DEseq2分析后有多了比较组。之前我们会绘制多个火山图或Upset图去呈现结果。但是,由于这两种方式被大家用太多了...
写在笔记开始之前:好像大家不怎么知道我们生信技能树团队有一个生物信息学入门课,详见;生物信息学马拉松授课(买一得五)
以下是后续新的专辑的目录大纲,也非常诚挚地希望大家对这个专辑的方向或者内容提供更多的建议和指导——
当我们拿到一组数据想要开始分析时,做的第一件事情就是质控,看一下数据怎么样,是否适用于我们的分析流程,以及某些低表达或极端表达的基因和样本是否应该...
尿路上皮癌(UC)是一种在分子和临床上具有异质性的疾病。尽管对原发性UC的分子特征已有研究,但对转移性尿路上皮癌(mUC)的全面分子特征分析仍然缺乏。由于mUC...
这种方法可以揭示基因表达的变化,发现新的生物学标记,以及理解基因表达调控的复杂性。在生物学和医学研究中,对特定基因进行过表达(过表达,即让基因表达水平高于正常生...
很容易就拿到了count矩阵,但是早期大家喜欢RPKM(Reads Per Kilobase per Million reads)、FPKM(Fragments...
大家好!我们都知道在进行生物信息分析的时候,会用到原始数据fastq文件。但是,我们想利用别人的测序数据进行重分析时,一般不能直接从NCBI数据库中下...
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