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最近分析了一批RNA-seq的测序数据,发现DEseq2分析后有多了比较组。之前我们会绘制多个火山图或Upset图去呈现结果。但是,由于这两种方式被大家用太多了...
写在笔记开始之前:好像大家不怎么知道我们生信技能树团队有一个生物信息学入门课,详见;生物信息学马拉松授课(买一得五)
以下是后续新的专辑的目录大纲,也非常诚挚地希望大家对这个专辑的方向或者内容提供更多的建议和指导——
当我们拿到一组数据想要开始分析时,做的第一件事情就是质控,看一下数据怎么样,是否适用于我们的分析流程,以及某些低表达或极端表达的基因和样本是否应该...
尿路上皮癌(UC)是一种在分子和临床上具有异质性的疾病。尽管对原发性UC的分子特征已有研究,但对转移性尿路上皮癌(mUC)的全面分子特征分析仍然缺乏。由于mUC...
这种方法可以揭示基因表达的变化,发现新的生物学标记,以及理解基因表达调控的复杂性。在生物学和医学研究中,对特定基因进行过表达(过表达,即让基因表达水平高于正常生...
很容易就拿到了count矩阵,但是早期大家喜欢RPKM(Reads Per Kilobase per Million reads)、FPKM(Fragments...
大家好!我们都知道在进行生物信息分析的时候,会用到原始数据fastq文件。但是,我们想利用别人的测序数据进行重分析时,一般不能直接从NCBI数据库中下...
众所周知,对于VCF文件的注释常用的有VEP、SnpEff、ANNOVAR等,软件各有优势,选择哪个工具通常取决于具体的分析需求、数据类型和用户的技术背景。例如...
上面的结果通常是ensembl数据库的id,需要转换为人类可以看得懂的symbol名字。
英文标题:Comprehensive analysis of macrophage-related genes in prostate cancer by in...
也就是说,普通人其实并没有这个能力也不需要面临这样的130万这个数量级的单细胞转录组数据的烦恼!我们拿这个HRA002184数据集举例:
相当于对多个gwas研究进行了meta分析,最后得到了总的IVW Estimate。
在进行数据挖掘的时候,我们往往会筛选到不止一个符合我们预期的数据集,这些数据集来源于不同的研究人员。这样得到的这些数据集就会存在我们所谓的批次效应,如不同实验...
前面推文介绍过文章 Deep whole-genome analysis of 494 hepatocellular carcinomas,详情见:中国人肝癌全...
我与网络(Network)的缘分也就此拉开。在这篇文章中,介绍了网络的基本概念:图、网、边、节点、长度、直径。在今后慢慢的咀嚼中,内化为我最近经常讲的一句话:做...
我注意到这个R包也提供了一个整合单细胞和空转数据的算法NNLS(https://ludvigla.github.io/semla/articles/cell_t...
前面介绍了alevin 的单细胞定量功能,见 Alevin — 更快的单细胞定量,其也只是Salmon软件的一个组成部分,今天我们就再来学习一下 Salmon ...
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