IBM Watson 进入癌症基因组分析市场

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作者|Matthew Herper

翻译|Winni & Keno Hoo 校对|Yawei Xia

卢卡斯沃特曼 -癌症中心助理主任及研究员

Lukas Wartman博士是圣路易斯华盛顿大学的癌症基因组学的助理主任,虽然战斗在抗癌遗传学的第一线,自己却得了急性淋巴细胞白血病。

当所有的治疗方案都尝试过之后,他的同事检查了他的DNA和RNA(将DNA转化为蛋白质的中间产物)想试着为他找到其他的治疗方法。研究这种治疗方法需要几个研究院专家几个月辛苦努力的付出,最终他们成功了。

现在Wartman正在参与一项如何将DNA测序应用于更多癌症患者的研究。14个大名鼎鼎的癌症中心之一的华盛顿大学的基因研究院正在与IBM合作,用计算机巨人Watson的人工智能系统将病人的基因数据和癌症基因数据库进行比对,同时也将病人的基因数据与每个发布的癌症基因方面的科研论文进行比对。以前需要花费一个专家组几个小时甚至几天才能完成的工作现在Watson只需要几分钟就可以完成了。

“我不知道目前还有其他的功能如此强大的平台,我也没看到正在研发中的其他的这样的平台.”Wartman说。

14所大学的倾力相助是推动Watson进入医疗健康行业的原因之一。一个月IBM在建立了一个全新的规模达2000人的业务单元的同时,宣布和美敦力、强生及苹果公司合作,专门研究Watson在医药业的运用。

上周,IBM宣布和苹果公司以及日本保险公司日本邮政(Japan Post)的合作,目的是帮助提高老年人的生活。今天,IBM 宣布进入基因测序分析这个拥挤的市场,这个市场内还包括其他如Fundation Medicine,Nant Health,和FlatIron Health这些有名的公司。

NantHealth是由亿万富翁PatrickSoon-Shiong(译者注:黄馨祥,生于南非的华人医生,经常被中文媒体误称为“陈颂雄”,因创办Abraxis BioScience制药公司而成为亿万富翁,号称全球最富的医生)建立的,NantHealth 已经计划建立一个能够测定并分析病人的DNA 和蛋白质并与病人的医疗记录进行交互作用的产品。IBM 目前将更加专注于为已经有癌症病人基因测定技术的研究机构提供分析服务。哈维说:尽管这种交易模式依赖于何时跟研究机构签约,但已经有很多这样的机构正在支付订阅费用。

如下这些研究机构已经购买了这种分析服务:安和罗伯特芝加哥儿童医院,BC 癌症机构,希望之城,克利夫兰诊所,公爵癌症研究院,弗雷德帕米拉巴菲特癌症中心,内布拉斯加州,圣路易斯的华盛顿大学麦克唐纳基因中心,纽约基因中心,桑福德健康,堪萨斯大学癌症中心,北加利福利亚利内贝格尔癌症中心,南加里福利亚大学应用分子医药中心,华盛顿大学医药中心,耶鲁癌症中心(译者注:加注学术机构名称原文对照 Ann & Robert HLurie Children’s Hospital of Chicago; BC Cancer Agency; City of Hope; ClevelandClinic; Duke Cancer Institute; Fred & Pamela Buffett Cancer Center inOmaha, Nebraska; McDonnell Genome Institute at Washington University in St.Louis; New York Genome Center; Sanford Health; University of Kansas CancerCenter; University of North Carolina Lineberger Cancer Center; University ofSouthern CaliforniaCenter for Applied Molecular Medicine ; University ofWashington Medical Center; and Yale Cancer Center)。

Watson有希望彻底改变基于基因信息决策治疗方案的老方法:一群肿瘤医生团盯着变异的癌细胞面红耳赤的争论着到底如何医治。

北卡罗莱纳州大学Linberger癌症中心主任Norman Sharpless说,“肿瘤团汇报结果的方法既难以量化也难称完美。它不仅有可能出错的,并且重复验证也不可行。这个领域其实非常需要Watson或者类似的项目介入。”

Sharpless原本对Watson的系统持怀疑论态度,他曾经对使用Watson的同事评论到:“Watson的系统也就玩玩三国杀还行,想治愈癌症还差得远呢。”现在为了给Watson正名还需要更多的证据。他表示第一步,需要对被UNC分析研究过的病人进行再次审视(那些一致通过可参与临床试验的患者),看看肿瘤团跟Watson结果的匹配率。当然,不能证明的是当两者不同的时候究竟哪一方是正确的。Watson的算法可以比人工做出更好的判断,当然也可能更糟。

IBM的副总裁Harvey谈到很多团体对这项研究的需求非常之大。这里面的数据将会被隐去姓名且得到多家机构的一致通过。毕竟这些数据属于产生数据的患者们。

然而多少DNA测序能够真正的帮助到患者始终是个问题。的确是有病人痊愈的感人故事,但毕竟为数不多,甚至流于传说。并且Watson的有效性仍然需要验证。这里最大的风险是:技术在被充分检验之前就投入了应用。IBM与众多机构的合作的确令人瞩目,Wartman的观点也有其依据,不过在医疗领域Watson还是充满了不确定的技术。

Wartman本人就是个很好的例子,即便治疗起了效果,但也不是完美的解决方案。Wartman经历过第二次的骨髓移植,并出现了排异反应。他的新骨髓与他的身体互相攻击排斥,他说“大部分的问题都属于可控范围,我还能够全职工作,虽然状态不如从前。”

来源:http://www.forbes.com/sites/matthewherper/2015/05/05/ibms-watson-enters-market-for-analyzing-cancer-genetics/

大数据文摘医疗大数据专栏

2015年2月7日“医疗大数据专栏”正式成立。随着基因芯片及DNA测序技术的发展,生物医疗大数据迅猛发展,既是大数据技术发展的原动力,也是大数据技术的受益者。大数据文摘2013年7月成立,我们专注数据,每日坚持分享优质内容,从未间断,我们努力为读者和志愿者打造一个分享和交流平台。作为大数据文摘的志愿者群,我们中有不少人从事医疗大数据相关工作,关心医疗大数据的发展,愿意通过这个专栏,和大家一起分享医疗大数据的点点滴滴。

医疗大数据专栏主编介绍

孙强,资深生物信息专家,现在服务于美国国立癌症研究所,从事癌症基因组数据库管理工作。热爱大数据,加入大数据文摘志愿者行列一年有余,愿以文会友,广结大数据善缘。旅居美国多年,现在定居于大华府地区。

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Keno Hoo

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毕业后曾在知名IT公司从事数据分析我工作,目前供职于知名外资药企从事统计分析工作,对大数据的应用非常感兴趣,精通SAS分析工具!

夏雅薇

毕业于西南财经大学经管班金融专业,现就读于纽约Fordham University商业数据分析硕士专业,毕业后想要从事商业数据方面的科技咨询工作。对金融与数据分析结合的领域尤其感兴趣。

原文发布于微信公众号 - 大数据文摘(BigDataDigest)

原文发表时间:2015-06-18

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