同源建模

背景：

通过实验对比了几种糖苷类化合物在葡萄糖苷酶的水解速率，希望通过计算机解释其水解机理。但是RCSB数据库中只有少量几种beta葡萄糖苷酶的晶体数据，不包含本次试验采用的是苦杏仁的beta葡萄糖苷酶，所以需要通过同源建模的方法建立蛋白质的三维结构。

方法：

蛋白质测序得到FASTA氨基酸序列文件

1.Swiss-model服务器同源建模

结果：

通过对比模版，选择同源度(identities)最高68%,覆盖度(coverage)达99%的蛋白质结构，PDB ID为：3CGB最为模版，进行苦杏仁的BETA葡萄糖苷酶的同源建模。