同源建模

背景

通过实验对比了几种糖苷类化合物在葡萄糖苷酶的水解速率,希望通过计算机解释其水解机理。但是RCSB数据库中只有少量几种beta葡萄糖苷酶的晶体数据,不包含本次试验采用的是苦杏仁的beta葡萄糖苷酶,所以需要通过同源建模的方法建立蛋白质的三维结构。

方法

蛋白质测序得到FASTA氨基酸序列文件

1.Swiss-model服务器同源建模

结果

通过对比模版,选择同源度(identities)最高68%,覆盖度(coverage)达99%的蛋白质结构,PDB ID为:3CGB最为模版,进行苦杏仁的BETA葡萄糖苷酶的同源建模。

原文发布于微信公众号 - 分子生物和分子模拟计算(bio-simulation)

原文发表时间:2016-04-24

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