遥想快十年前,刚接触分子动力学方法,当时难度真是非常高,既要懂程序,又要有分子力学的基础知识。一直认为软件应为人所用而不是要求人去通过刻苦学习才掌握使用,所以软件要发展就必须要有良好的用户界面,当年有些动力学模拟的软件已经变成僵尸,也有软件不断继承发展壮大,例如NAMD,GROMACS,AMBER。
目前成熟的建模方法有两种,一是CHARMM-GUI,二是VMD内置的插件QWIKMD。
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