如何建立膜蛋白体系的动力学模型

遥想快十年前,刚接触分子动力学方法,当时难度真是非常高,既要懂程序,又要有分子力学的基础知识。一直认为软件应为人所用而不是要求人去通过刻苦学习才掌握使用,所以软件要发展就必须要有良好的用户界面,当年有些动力学模拟的软件已经变成僵尸,也有软件不断继承发展壮大,例如NAMD,GROMACS,AMBER。

目前成熟的建模方法有两种,一是CHARMM-GUI,二是VMD内置的插件QWIKMD。

  1. CHARMM-GUI的在线服务器input generator提供了membrane builder模块: 1.1读取蛋白质的(原子)坐标信息; 1.2 调整取向(Orient),如果是通道蛋白,就是将通道调整为Z方向,方便LIPID的插入; 1.3确定体系大小;(X,Y方向) 1.4构建组件(LIPID,TIP3P); 1.5组合组件; 1.6体系的平衡模拟
  1. VMD1.93提供了QwikMD,AdvancedMD模式里提供了membrane模型的建立。

原文发布于微信公众号 - 分子生物和分子模拟计算(bio-simulation)

原文发表时间:2017-08-21

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

发表于

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

来自专栏菩提树下的杨过

SqlTransaction事务使用示例

using System; using System.Data; using System.Data.SqlClient; using System.Co...

1878
来自专栏跟着阿笨一起玩NET

C#巧用Excel模版变成把Table打印出来

转载:http://blog.csdn.net/gwblue/article/details/38865525

1192
来自专栏听雨堂

想修改CSS

      下载了一个“通用”的CSS文件,本来想偷懒的,结果发现有问题,就是它用的颜色是变量定义的,无法识别。我又找不到在哪里可以定义。 BODY{     ...

20410
来自专栏张善友的专栏

Using sqlite with .NET

The other day I found that there is a .NET wrapper for sqlite. sqlite is a very ...

2298
来自专栏码匠的流水账

聊聊EurekaRibbonClientConfiguration

spring-cloud-netflix-eureka-client-2.0.0.RELEASE-sources.jar!/org/springframewor...

1171
来自专栏c#开发者

C# : row-clickable GridView and get and set gridview rows using JavaScript

Complete C# code: ---------------- using System; using System.ComponentModel; ...

2996
来自专栏菩提树下的杨过

MSDN官方的ASP.Net异步页面的经典示例代码

示例1.演示异步获取一个网址的内容,处理后显示在OutPut这一Label上 using System; using System.Web; using S...

1995
来自专栏积累沉淀

Hive2.0.0操作HBase 1.2.1报错解决

首先看错  org.apache.hive.service.cli.HiveSQLException: Failed to open new session: ...

2369
来自专栏CreateAMind

文字描述生成视频的开源项目

Tensorflow implementation for the paper Attentive Semantic Video Generation usin...

1132
来自专栏DT乱“码”

简单的考勤系统

连接数据库类 package com.lianrui.it; import java.sql.Connection; import java.sql.Driv...

3499

扫码关注云+社区