如何建立膜蛋白体系的动力学模型

遥想快十年前,刚接触分子动力学方法,当时难度真是非常高,既要懂程序,又要有分子力学的基础知识。一直认为软件应为人所用而不是要求人去通过刻苦学习才掌握使用,所以软件要发展就必须要有良好的用户界面,当年有些动力学模拟的软件已经变成僵尸,也有软件不断继承发展壮大,例如NAMD,GROMACS,AMBER。

目前成熟的建模方法有两种,一是CHARMM-GUI,二是VMD内置的插件QWIKMD。

  1. CHARMM-GUI的在线服务器input generator提供了membrane builder模块: 1.1读取蛋白质的(原子)坐标信息; 1.2 调整取向(Orient),如果是通道蛋白,就是将通道调整为Z方向,方便LIPID的插入; 1.3确定体系大小;(X,Y方向) 1.4构建组件(LIPID,TIP3P); 1.5组合组件; 1.6体系的平衡模拟
  1. VMD1.93提供了QwikMD,AdvancedMD模式里提供了membrane模型的建立。

原文发布于微信公众号 - 分子生物和分子模拟计算(bio-simulation)

原文发表时间:2017-08-21

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

发表于

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

来自专栏张叔叔讲互联网

江苏省初中信息技术八年级 -张叔叔一文读懂

今天张叔叔给大家讲讲江苏省八年级信息技术教材内容,之前的七年级教材讲解收到了热烈欢迎,在此感谢所有的读者们,也希望大家积极转载,为社会主义建设添砖加瓦!

1054
来自专栏ATYUN订阅号

【科技】谷歌将人工智能带入数据透视表 表单功能立刻升级!

现在,谷歌的电子表格(Spreadsheet)应用获得了许多新功能,目的是让数据透视表(一种强大的数据分析工具)变得更容易访问。 ? 用户将能够从表格的“Ex...

3319
来自专栏CSDN技术头条

2017开发者生态报告,学什么语言最有前途?

JetBrains 在 2016 年底至 2017 年初期间,对 5000 多名开发人员进行了调查,以研究最新的开发生态。 最近,调查结果已公布:Java 被...

21310
来自专栏编程微刊

我是如何快速积累工作经验

1485
来自专栏PPV课数据科学社区

SQL Server 2016将支持R编程语言

R编程语言最早出现于1993年,而在2000年,它的第一个符合产品质量的版本R-1.0发布了。自那之后,R就成为了统计分析方面的业界标准,围绕着这门语言出现了大...

3435
来自专栏企鹅号快讯

零基础如何成功进入Java编程领域呢?

关于书籍 新人们常常会说我看了多少多少的书,看过某某人写的书,仿佛书看的多懂得也就多了。 其实不然,很多新人在面试的时候夸夸其谈,说啥啥都知道一点,到真正做的时...

18710
来自专栏阮一峰的网络日志

关于战略问题的通信之六

《Joel谈软件》一书的翻译,我好久没提了。 合同规定今年1月交稿。假定我没有违约的话,此书现在应该上市了。可是,实际上......就算到下个月,我恐怕都翻译不...

2667
来自专栏非著名程序员

重构才是写代码,需求只是干活。

482
来自专栏康亮的专栏

做开发十年,我总结出了这些开发经验

在一线做了十年的开发,经历了网易、百度、腾讯研究院、MIG 等几个地方,积累了一些感悟。必然有依然幼稚的地方,就当抛砖引玉, 聊为笑谈。

9.1K11
来自专栏IT米粉

技术知识和稳定的系统之间,可能还差这些?

艺术的展现除了术,还需要道。程序的术是大家都能得到的共识,各种各样提升自己技术的文章到处都是,这里我们说说程序的道,也就是方法。这也是大家经常忽略或者不重视的地...

4168

扫码关注云+社区