如何建立膜蛋白体系的动力学模型

遥想快十年前,刚接触分子动力学方法,当时难度真是非常高,既要懂程序,又要有分子力学的基础知识。一直认为软件应为人所用而不是要求人去通过刻苦学习才掌握使用,所以软件要发展就必须要有良好的用户界面,当年有些动力学模拟的软件已经变成僵尸,也有软件不断继承发展壮大,例如NAMD,GROMACS,AMBER。

目前成熟的建模方法有两种,一是CHARMM-GUI,二是VMD内置的插件QWIKMD。

  1. CHARMM-GUI的在线服务器input generator提供了membrane builder模块: 1.1读取蛋白质的(原子)坐标信息; 1.2 调整取向(Orient),如果是通道蛋白,就是将通道调整为Z方向,方便LIPID的插入; 1.3确定体系大小;(X,Y方向) 1.4构建组件(LIPID,TIP3P); 1.5组合组件; 1.6体系的平衡模拟
  1. VMD1.93提供了QwikMD,AdvancedMD模式里提供了membrane模型的建立。

原文发布于微信公众号 - 分子生物和分子模拟计算(bio-simulation)

原文发表时间:2017-08-21

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