手把手教你学会GO富集分析和弦图绘制

各位科研芝士的朋友，大家好。这周我们继续分享关于数据可视化的教程，今天我们把自己的视线聚焦在富集分析上，一般大家会选择DAVID在线工具或者y叔的神包clusterProfilter来操作，不管你选择哪种富集方式，我们得到的GOterm，都需要进行可视化展示，这篇关于GOplot的教程也是大家一直碎碎念的教程，今天就分享给大家。

注意事项

GOplot包，该包主要是对GO富集结果进行可视化，不能进行富集分析。

下面进入正题，今天我们看看如何用富集分析的结果，进行GO可视化：

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安装并加载包，关于包的安装，已经讲过多次，直接上代码：

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GO富集分析，这次利用clusterProfiler包进行富集分析，当然你还需要安装该包并加载：

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用内置数据集进行GO富集分析：

注意体会readable参数的意义，该参数的设置，可以是的GO富集的结果的gene以gene symbol形式出现。

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转成数据框的形式：

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整理成GOplot所需要的输入格式文件

分别是5列信息，分别为GO的ID， Term名字，该Term所含的gene名，注意是gene symbol，以及p值还有所属的类别 Category。5列的列名称要注意不能轻易改动，分别为ID， Term，Genes，adj_pval和Category。

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整理gene的信息，该信息要包括两列信息，分别是gene的Symbol还有就是gene的logFC值

首先用进行ID的转换，从Entre ID转成 Gene Symbol。

结果如下：

接着进行下面的操作，构造gene的data.frame：

这时候，gene的data.frame 如下：

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构造和弦图需要的输入数据结构，首先是构建一个list对象，接着用circle_dat构建画图的对象circ2，接着用chord_dat构造chord对象，注意在process用了一个unique函数：

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chord构建好之后，便可以轻松画图了，如下：

结果如下：

还可以使得gene 按照logFC排序：

结果如下：

当然还可以画个热图：

结果如下：

OK，今天的推文就到这，我们分享了如何在基于clusterProfiler下，进行GO富集分析以及利用该GO富集结果进行GOplot可视化。