手把手教你学会GO富集分析和弦图绘制

各位科研芝士的朋友,大家好。这周我们继续分享关于数据可视化的教程,今天我们把自己的视线聚焦在富集分析上,一般大家会选择DAVID在线工具或者y叔的神包clusterProfilter来操作,不管你选择哪种富集方式,我们得到的GOterm,都需要进行可视化展示,这篇关于GOplot的教程也是大家一直碎碎念的教程,今天就分享给大家。

注意事项

GOplot包,该包主要是对GO富集结果进行可视化,不能进行富集分析。

下面进入正题,今天我们看看如何用富集分析的结果,进行GO可视化:

1

安装并加载包,关于包的安装,已经讲过多次,直接上代码:

2

GO富集分析,这次利用clusterProfiler包进行富集分析,当然你还需要安装该包并加载:

3

用内置数据集进行GO富集分析:

注意体会readable参数的意义,该参数的设置,可以是的GO富集的结果的gene以gene symbol形式出现。

4

转成数据框的形式:

5

整理成GOplot所需要的输入格式文件

分别是5列信息,分别为GO的ID, Term名字,该Term所含的gene名,注意是gene symbol,以及p值还有所属的类别 Category。5列的列名称要注意不能轻易改动,分别为ID, Term,Genes,adj_pval和Category。

6

整理gene的信息,该信息要包括两列信息,分别是gene的Symbol还有就是gene的logFC值

首先用进行ID的转换,从Entre ID转成 Gene Symbol。

结果如下:

接着进行下面的操作,构造gene的data.frame:

这时候,gene的data.frame 如下:

7

构造和弦图需要的输入数据结构,首先是构建一个list对象,接着用circle_dat构建画图的对象circ2,接着用chord_dat构造chord对象,注意在process用了一个unique函数:

8

chord构建好之后,便可以轻松画图了,如下:

结果如下:

还可以使得gene 按照logFC排序:

结果如下:

当然还可以画个热图:

结果如下:

OK,今天的推文就到这,我们分享了如何在基于clusterProfiler下,进行GO富集分析以及利用该GO富集结果进行GOplot可视化。

原文发布于微信公众号 - 百味科研芝士(keyanzhishi)

原文发表时间:2019-09-17

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