TCPA数据库挖掘视频(TCPA蛋白质数据库/RPPA)

TCPA数据库挖掘视频(TCPA蛋白质数据库/RPPA)

--生信自学网

我们在做TCGA数据分析的时候，经常会遇到这样的问题：我们找到了关键基因后，想验证这个基因是否真的跟肿瘤相关。这个时候，我们通常有以下几种验证方法：1）对于有条件的实验室，可以通过自己做实验进行验证；2）通过GEO数据库验证，GEO缺点是很多数据没有临床随访信息；3）通过Arrayexpress、ICGC、CGGA、CCLE、SRA、CPTAC等其他数据库进行验证，这些我们都有相应的课程。

今天生信自学网给大家一个新的数据库---TCPA数据库，它是TCGA的蛋白质组数据库，可以结合TCGA的临床数据进行分析。

TCPA数据库通过整合来自TCGA和几个独立的肿瘤研究项目的RPPA芯片数据，提供了一个肿瘤蛋白质谱数据中心。TCPA包含两个独立的Web应用程序，第一个着眼于患者肿瘤的RPPA数据，其包含癌症基因组图谱中32种癌症类型约8000个样本，另外约500个来自独立患者队列的样本。第二个应用侧重于癌细胞系的RPPA数据，包含19个谱系的> 650个独立细胞系。对于每个数据集，TCPA提供level 3和level 4数据，level 3数据代表来自独立批次的归一化数据，level 4数据代表多个批次的合并数据。