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TCPA数据库挖掘视频(TCPA蛋白质数据库/RPPA)

TCPA数据库挖掘视频(TCPA蛋白质数据库/RPPA)

--生信自学网

我们在做TCGA数据分析的时候,经常会遇到这样的问题:我们找到了关键基因后,想验证这个基因是否真的跟肿瘤相关。这个时候,我们通常有以下几种验证方法:1)对于有条件的实验室,可以通过自己做实验进行验证;2)通过GEO数据库验证,GEO缺点是很多数据没有临床随访信息;3)通过Arrayexpress、ICGC、CGGA、CCLE、SRA、CPTAC等其他数据库进行验证,这些我们都有相应的课程。

今天生信自学网给大家一个新的数据库---TCPA数据库,它是TCGA的蛋白质组数据库,可以结合TCGA的临床数据进行分析。

TCPA数据库通过整合来自TCGA和几个独立的肿瘤研究项目的RPPA芯片数据,提供了一个肿瘤蛋白质谱数据中心。TCPA包含两个独立的Web应用程序,第一个着眼于患者肿瘤的RPPA数据,其包含癌症基因组图谱中32种癌症类型约8000个样本,另外约500个来自独立患者队列的样本。第二个应用侧重于癌细胞系的RPPA数据,包含19个谱系的> 650个独立细胞系。对于每个数据集,TCPA提供level 3和level 4数据,level 3数据代表来自独立批次的归一化数据,level 4数据代表多个批次的合并数据。

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