Molecular differences in Alzheimer's disease between male and female patients determined by integrative network analysis
综合网络分析确定男性和女性阿尔茨海默病的分子差异
阿尔茨海默病(AD)是一种复杂的神经退行性疾病,是老年人痴呆的最常见原因。性别差异对于AD患病率、临床表现、病程和预后方面的认识仍不够充分。
作者从GEO数据库下载了AD相关的原始mRNA表达谱(GSE84422 )。
图1A:男性(蓝色)和女性(橙色)样本中基因表达值的分布。
图1B:作者检查了17个皮质区域的DEGs。
图1.鉴定DEGs
AD涉及多种相互作用的信号传导通路。作者进行了DEGs共表达网络分析,以检查17个不同大脑区域中男性和女性之间共表达基因相互作用的差异。
图2A:从左到右:男性和女性共表达网络以及重叠网络。
图2B:对三个网络分别作了KEGG通路富集分析,并列出了主要的通路。
图2.基因共表达网络分析 作者发现“胰岛素信号传导通路(男性显著富集的通路)”中的GSK-3β(糖原合酶激酶)与NFT(neurofibrillary tangle,神经原纤维缠结)的形成相关。所以作者作了K‐M分析,以确定是否可以根据GSK3β表达水平来区分AD患者不同的临床特征。
图3.K-M生存分析
将样本中男性和女性的17个皮质区域构建了34个共表达网络,并使用Jaccard相似系数作了评估。
jaccard相似系数:就是两个dat sets的交集除以两个datasets的并集。所以Jaccard系数取值在0-1;用于比较有限样本集之间的相似性和差异性。
图4A:男性和女性17个皮质区域构建的共表达网络的edges和两者的Jaccard相似系数。
作者接着对17个皮质区域两两使用Jaccard相似系数作了评估(图4B:男性;图4C:女性)。
图4.用Jaccard相似系数评估17个皮质区域
图5A:男性(有15个模块:M1-M15)和女性特异的模块(有8个模块:F1-F8)之间用Jaccard相似系数评估。
图5B:男性最大的模块M1。
图5C:女性最大的模块F1。
图5.性别特异模块之间的crosstalk
图6A:计算男性和女性17个皮质区域的动态score。
其中“overlapNUM”代表所有样本中取交集的共表达基因对;“normalNum”代表正常样本的共表达基因对。
图6B-C:AD患者中17个大脑区域的共表达基因网络(B:男性;C:女性)。
图6D-E:男性、女性对应的KEGG通路富集分析。
图6.动态score与功能注释
小结
作者从GSE84422中获得了跨越17个皮质区域的基因表达数据集,然后结合基因共表达网络分析方法,研究了17个皮质区域中AD性别差异的分子基础。本文先是鉴定了DEGs;然后构建基因共表达网络;接着分析与AD病理相关的按性别划分的模块之间的crosstalk;最后通过动态score确定AD进展中的性别差异,为AD中的性别差异提供了新颖的见解。
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