生信软件 | Sratools (操作SRA文件)

文章目录

• 1. 介绍
• 2. 安装
• • 2.1 Conda 安装
  • 2.2 传统安装
• 3. 使用
• • 3.1 下载SRA
  • 3.2 抽取fastq文件

1. 介绍

• Sratools是NCBI官方提供，用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合
• 一般常用于下载SRA文件，从SRA文件中提取fastq，sam文件，查看SRA文件信息等

2. 安装

这里提供两种方法，选择一种安装即可，强烈建议使用Conda方式安装

2.1 Conda 安装

conda install -y sra-tools

这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件的依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解

2.2 传统安装

下载

下载地址1：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software 下载地址2：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloads

在Linux系统（以CentOS为例）下将上述的链接下载到本地

wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64.tar.gz

解压

gunzip -c sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64.tar.gz | tar xf -

设置环境变量

所有的可执行文件均在sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64/bin目录下 环境变量添加的详细方法：Linux 添加环境变量的五种方法

• 打开环境变量设置文件

sudo vim /etc/environment

• 添加软件 bin 目录的路径，并用 : 隔开
• 执行source命令，使配置立即生效

sudo source /etc/enviroment

3. 使用

官方文档：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc

3.1 下载SRA

https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-Access-SRA-Data

下载单个文件

prefetch SRR390728

下载多个文件

prefetch cart_0.krt

3.2 抽取fastq文件

fastq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq

**注意：**NCBI其实已经更新了一个多线程抽取工具fasterq-dump，可以在sratools的bin目录里找到，但是文档没有写，没有特殊需求的话，可以考虑直接用新工具替代。

这个fasterq-dump与fastq-dump相比，就像动车碾压绿皮火车，用法如下：

fasterq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq

详情查看：https://www.jianshu.com/p/5c97a34cc1ad