R问题｜如何查看函数的源代码

庄闪闪

发布于 2021-04-08 15:02:01

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文章被收录于专栏：庄闪闪的R语言手册庄闪闪的R语言手册

简介

最近有读者问我，如何查看R语言某包中某函数的源代码呢？我第一时间给出了自己比较常用的方法（见方法一），今天打算做个这方面的推文，于是又查了些资料，才发现原来水好深！还有更好的方法(见方法二)，并且和不同的面向对象系统有关。

方法一

打开查R包的相关网站，比如：https://rdrr.io/

查R包的相关网站

输入你的R包名称或者相应的函数，这里以nlme包中的lme()为例。

找到对应位置

进入会出现这样的界面，界面相应介绍可以下图：

界面介绍

打开左上角的源代码（Source code）即可找到该包内部的所有函数了。

源代码

找到你对应的函数，进入即可，任务完成。

nlme源代码

方法二

Stack overflow[1]中给出了一些更加高效的方式，在R控制台输入相应函数，即可得到对应函数的源代码了。

这里小编做个知识点整理，自己也学一波。这里的知识点比较难，和面向对象编程有关，就当是拓展吧，实在不行就和小编一样使用方法一吧。

S3方法调度系统

对于S3类，可以使用methods函数列出所有和该函数有关的特定泛型函数或类，例如：输入methods(t)

> methods(t)
[1] t.data.frame t.default    t.ts*       

   Non-visible functions are asterisked
> methods(class="ts")
 [1] aggregate.ts     as.data.frame.ts cbind.ts*        cycle.ts*       
 [5] diffinv.ts*      diff.ts          kernapply.ts*    lines.ts        
 [9] monthplot.ts*    na.omit.ts*      Ops.ts*          plot.ts         
[13] print.ts         time.ts*         [<-.ts*          [.ts*           
[17] t.ts*            window<-.ts*     window.ts*      

   Non-visible functions are asterisked

“Non-visible functions are asterisked”表示该函数未从其程序包的命名空间中导出。但你可以通过:::函数（即stats :::: t.ts）或使用getAnywhere()查看其源代码。

注： getAnywhere()非常好用，你不需要知道函数来自哪个包。推荐直接使用这个函数。

> getAnywhere(t.ts)
A single object matching ‘t.ts’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for t from namespace stats
  namespace:stats
with value

function (x) 
{
    cl <- oldClass(x)
    other <- !(cl %in% c("ts", "mts"))
    class(x) <- if (any(other)) 
        cl[other]
    attr(x, "tsp") <- NULL
    t(x)
}
<bytecode: 0x294e410>
<environment: namespace:stats>

S4方法的调度系统

S4系统是一种较新的方法调度系统，可以替代S3系统。下面是一个S4函数的示例

> library(Matrix)
Loading required package: lattice
> chol2inv
standardGeneric for "chol2inv" defined from package "base"

function (x, ...) 
standardGeneric("chol2inv")
<bytecode: 0x000000000eafd790>
<environment: 0x000000000eb06f10>
Methods may be defined for arguments: x
Use  showMethods("chol2inv")  for currently available ones.

输出已经提供了很多信息。standardGeneric是S4函数的指示器。使用showMethods可以查看已定义的S4的方法

> showMethods(chol2inv)
Function: chol2inv (package base)
x="ANY"
x="CHMfactor"
x="denseMatrix"
x="diagonalMatrix"
x="dtrMatrix"
x="sparseMatrix"

getMethod可以用来查看其中一个方法的源代码

> getMethod("chol2inv", "diagonalMatrix")
Method Definition:

function (x, ...) 
{
    chk.s(...)
    tcrossprod(solve(x))
}
<bytecode: 0x000000000ea2cc70>
<environment: namespace:Matrix>

Signatures:
        x               
target  "diagonalMatrix"
defined "diagonalMatrix"

调用未导出函数的函数

对于ts.union，.cbindts和.makeNamesTs是stats名称空间中未导出的函数。您可以使用:::运算符或getAnywhere查看未导出函数的源代码。

> stats:::.makeNamesTs
function (...) 
{
    l <- as.list(substitute(list(...)))[-1L]
    nm <- names(l)
    fixup <- if (is.null(nm)) 
        seq_along(l)
    else nm == ""
    dep <- sapply(l[fixup], function(x) deparse(x)[1L])
    if (is.null(nm)) 
        return(dep)
    if (any(fixup)) 
        nm[fixup] <- dep
    nm
}
<bytecode: 0x38140d0>
<environment: namespace:stats>