Perl 版Circos -基础篇-核型和刻度、标签的绘制

在绘制之前，先向大家介绍一下circos绘图的基本组成，circos绘图组成示意图如下:

circos.conf主配置文件主要包含两方面的信息:(1) 配置文件block;（2）绘图文件block。circos.conf 是(1) 和（2）两部分组成的，这个除必要block之外，其余均可根据自身需要进行个性化配置。

今天就展示一下核型、刻度和标签的绘制。

（一）conf 文件的配置

CIRCOS.CONF

karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt #核型文件的导入

chromosomes_units = 1000000 #展示刻度的最小长度单元

<<include ideogram.conf>> #调用核型文件。

<<include ticks.conf>> #调用ticks.conf文件。

<image>

<<include etc/image.conf>> #调用circos安装目录下etc/image.conf。

</image>

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>> #调用circos安装目录下etc/colors_fonts_patterns.conf。

<<include etc/housekeeping.conf>> #调用circos安装目录下etc/housekeeping.conf。

circos.conf 文件中调用两个本地配置文件，其余未更改的配置在安装目录中搜索。

IDEOGRAM.CONF

<ideogram>

<spacing>

default = 0.005r # 设定染色体间的距离，设置圈图中染色体之间的空隙大小，以下设置为每个空隙大小为周长的 0.5%。

</spacing>

# Ideogram position, fill and outline

radius = 0.90r # 设定ideograms在图离圆心的 90% 处。

thickness = 20p #设定ideograms 的厚度为20p（像素）

fill = yes #设定 ideograms 填充颜色，填充的颜色为核型文件最后一列。

stroke_color = dgrey #设定轮廓颜色为dgrey。

stroke_thickness = 2p #设定轮廓厚度为2p。

# Minimum definition for ideogram labels.

show_label = yes #设定是否显示 label(chr/scaffold/gene) 。 label对应着核型文件的第 4 列，即你展示出来的名称。如果其值为 yes，则必须要有 label_radius 参数来设定 label 的位置，否则不能生成结果。

label_font = default #设定label字体，这里为默认字体。

label_radius = 1r+60p #设定label位置，也可采用dims函数设定。

label_size = 30 #设定label的大小。

label_parallel = yes #设置label的浏览方向。

</ideogram>

TICKS.CONF

#全局设置

show_ticks = yes #设定显示刻度线。

show_tick_labels = yes #设定显示刻度线上的标签。

<ticks>

radius = 1r #设定刻度线显示的位置。

color = black #设定刻度线为黑色。

thickness = 2p #设定刻度线粗细为2p。

# the tick label is derived by multiplying the tick position# by 'multiplier' and casting it in 'format':## sprintf(format,position*multiplier)#

multiplier = 1e-6 #设定显示的比例，label=位置实际大小*multiplier。

format = %d #设定格式化label的显示，用法与perl sprintf 相同。

<tick> #定义小刻度

spacing = 5u #设定刻度线间隔5个最小单位。

size = 10p #设定刻度线粗细10p。

</tick>

<tick> #定义大刻度

spacing = 25u #设定刻度线间隔25个最小单位。

size = 15p #设定刻度线粗细15p

show_label = yes #设定显示刻度线对应的label。

label_size = 20p #设定刻度线对应的label的大小。

label_offset = 10p #设定刻度线和label之间的间隔为10p。

format = %d #设定格式化label的显示，用法与perl sprintf 相同。

</tick>

</ticks>

（二）核型文件

文件位置：/opt/circos/circos-0.69-6/example/data/karyotype/karyotype.human.txt

（三）运行命令

/opt/circos/circos-0.69-6/bin/circos -conf circos.conf

（四）运行结果

初次运行的小伙伴，可以将文中配置文件的参数进行调试来加深印象，那么今天的初级核型作图就结束了。