最近几年,肿瘤免疫变成科研的热点,紧跟科研热点,今天介绍一篇5.5分的免疫基因构建生存预后模型的文章。研究思路非常的清晰,先差异分析,再筛选免疫相关的基因,构建生存预后模型,之后结合转录因子,免疫浸润做一些相关分析。
具体步骤详述如下:
转录因子主要是调节基因的转录,那么是否也参与了癌症中免疫基因的表达调控呢?从网站Cistrome, 获得318个转录因子调控的靶基因,计算转录因子和免疫基因的表达相关性,构建调控网络。
从Cbioportal 网站上获取癌症样本的突变和拷贝数变异情况。绘制免疫基因的突变图谱。
从免疫浸润网站TIMER上获得癌症样本中的各类免疫浸润细胞的含量,并计算免疫预后模型的预测值与免疫细胞含量的相关性。发现一些免疫细胞和免疫预后模型存在一定相关性。
Lin Peng., Guo Yi-Nan., Shi Lin., Li Xiao-Jiao., Yang Hong., He Yun., Li Qing., Dang Yi-Wu., Wei Kang-Lai., Chen Gang., (2019). Development of a prognostic index based on an immunogenomic landscape analysis of papillary thyroid cancer., Aging (Albany NY), 11, 480-500.