前往小程序，Get更优阅读体验！
立即前往
文档建议反馈控制台
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
文章/答案/技术大牛
发布
首页
学习
活动
专区
工具
TVP最新优惠活动
返回腾讯云官网
社区首页 >专栏 >20220519_生物信息平台搭建及生物信息软件安装

20220519_生物信息平台搭建及生物信息软件安装

原创
作者头像
wilson_bit
发布于 2022-05-19 15:44:54
1.2K0
发布于 2022-05-19 15:44:54
举报
文章被收录于专栏：igenomeigenome

20220519_生物信息平台搭建及生物信息软件安装

01 基础软件安装

代码语言：javascript
复制
基础软件安装
============================================================================================
#java安装
apt-get install openjdk-8-jdk
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
apt update
apt install -y oracle-java8-installer
apt install -y zlib1g zlib1g.dev
apt install -y libboost-dev



#conda安装
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  
source ~/.bashrc
#添加软件源
conda config --add channels bioconda 
conda config --add channels conda-forge



#R与Rstudio安装
apt install -y r-base
https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-1.3.1093-amd64.deb
dpkg -i rstudio-1.3.1093-amd64.deb

02 常用生物信息软件安装

主要采用conda安装、apt安装、pip安装、docker安装以及软件源码安装方法

代码语言：javascript
复制
常用生信软件安装
============================================================================================

#(1)三代组装软件falcon安装
conda install -c bioconda pb-assembly
#fc_run --help 验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(2)三代纠错软件ccs软件安装
conda install -c bioconda pbccs
#ccs --help 验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(3)基因组组装质量评估软件安装busco
conda install -c https://conda.anaconda.org/bioconda busco
#busco--help 验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(4)samtools 已安装
conda install -c bioconda samtools

#--------------------------------------------------------------------------------
#(5)bedtools 已安装
conda install -c bioconda 

#--------------------------------------------------------------------------------
#(6)cutadapt 已安装
conda install cutadapt

#--------------------------------------------------------------------------------
#(7)trimmmomatic已安装
conda install -c bioconda  trimmomatic

#--------------------------------------------------------------------------------
#(8) jellyfish安装
apt install -y jellyfish

#--------------------------------------------------------------------------------
#(9)rna-star 安装
apt install -y rna-star

#--------------------------------------------------------------------------------
#(10)bowtie2已安装
conda install -c bioconda bowtie2

#--------------------------------------------------------------------------------
#(11)bowtie已安装
conda install -c bioconda bowtie

#--------------------------------------------------------------------------------
#(12)STAR已安装
conda install -c bioconda star
#STAR --help验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(13)bwa已安装
conda install -c bioconda bwa

#--------------------------------------------------------------------------------
#(14)novoalign已安装
conda install -c bioconda novoalign

#--------------------------------------------------------------------------------
#(15)tophat已安装
conda install -c bioconda tophat

#--------------------------------------------------------------------------------
#(16)tophat2已安装
conda install -c bioconda tophat2

#--------------------------------------------------------------------------------
#(17)cufflinks 已安装
conda install -c bioconda cufflinks

#--------------------------------------------------------------------------------
#(18)FeatureCount&subread

#--------------------------------------------------------------------------------
#(19)Stringtie已安装
conda install -c bioconda stringtie

#--------------------------------------------------------------------------------
#(20)hisat2 安装
apt install -y hisat2

#--------------------------------------------------------------------------------
#(21)picard已安装
# wget -c https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/2.21.6/picard.jar
# java -jar /opt/Picard/picard.jar -h  验证是否安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(22)SRA Toolkit已安装
#https://www.jianshu.com/p/6a4855023330
#wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz

#--------------------------------------------------------------------------------
#(23)igv已安装
conda install -c bioconda igv

#--------------------------------------------------------------------------------
#(24) canu已安装
apt install -y canu

#--------------------------------------------------------------------------------
#(25) seqtk 已安装
conda install -c bioconda seqtk

#--------------------------------------------------------------------------------
#(26)seqkit 已安装
conda install -c bioconda seqkit 

#--------------------------------------------------------------------------------
#(27)BEDOPS 已安装
apt-get install bedops 

#--------------------------------------------------------------------------------
#(28)MACS2已安装
conda install -c bioconda macs2 
# macs2 --help 验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(29) homer 已安装
conda install -c bioconda homer

#--------------------------------------------------------------------------------
#(30) blast
pip install blast
# blstn -help 验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(31)blat已安装
conda install -c bioconda blat

#--------------------------------------------------------------------------------
#(32)fastqc 已安装
conda install -c bioconda fastqc

#--------------------------------------------------------------------------------
#(33) clustalx已安装
apt install -y clustalx

#--------------------------------------------------------------------------------
#(34)tabix已安装
apt-get install tabix

#--------------------------------------------------------------------------------
#(35)mothur 已安装
apt-get install mothur

#--------------------------------------------------------------------------------
#(36)meme已安装
conda install -c bioconda meme

#--------------------------------------------------------------------------------
#(37)nucleoatac已安装
pip install nucleoatac

#--------------------------------------------------------------------------------
#(38) cnvkit 已安装
apt-get install cnvkit -y

#--------------------------------------------------------------------------------
#(39) augustus 已安装
apt-get install augustus -y

#--------------------------------------------------------------------------------
#(40) bamtools 已安装
apt-get install bamtools

#--------------------------------------------------------------------------------
#(41)varna已安装
apt-get install varna

#--------------------------------------------------------------------------------
#(42)mcl已安装
apt-get install mcl

#--------------------------------------------------------------------------------
#(43) mafft 已安装
apt-get install mafft -y

#--------------------------------------------------------------------------------
#(44) last-align 已安装
apt-get install  last-align

#--------------------------------------------------------------------------------
#(45)muscle 已安装
apt-get install muscle

#--------------------------------------------------------------------------------
#(46)Gblocks 已安装
conda install -c bioconda gblocks
#Gblocks --help 验证是否安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(47)paml以安装
conda install -c bioconda paml
#输入baseml验证是否安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(48)jModelTest已安装
apt-get install jmodeltest

#--------------------------------------------------------------------------------
#(49)phylip 已安装
apt-get install phylip

#--------------------------------------------------------------------------------
#(50)phyml 已安装
apt-get install phyml

#--------------------------------------------------------------------------------
#(51)RAxML已安装
apt-get install raxml
#raxmlHPC -h 验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(52)GARLI已安装
apt-get install garli

#--------------------------------------------------------------------------------
#(53)FastTree已安装
apt-get install fasttree

#--------------------------------------------------------------------------------
#(54)MrBayes已安装
apt-get install mrbayes
#输入mb --help验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(55)fastx-toolkit已安装成功
apt install fastx-toolkit
#输入fastq_quality_filter  -h验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(56)minimap2已安装
conda install -c bioconda minimap2

#--------------------------------------------------------------------------------
#(57)bcftools已安装
apt-get install bcftools

#--------------------------------------------------------------------------------
#(58) khmer已安装
apt-get install khmer

#--------------------------------------------------------------------------------
#(59)spades已安装
apt-get install spades

#--------------------------------------------------------------------------------
#(60)velvet已安装
pip install velvet
#velveth -h验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(61)supernova 已安装
pip install supernova

#--------------------------------------------------------------------------------
#(62)kmergenie已安装
conda install -c bioconda kmergenie

#--------------------------------------------------------------------------------
#(63)oases已安装
conda install oases

#--------------------------------------------------------------------------------
#(64)mira-assembler已安装 
apt-get install mira-assembler
# mira -h验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(65)nanopolish 已安装
apt-get install nanopolish -y

#--------------------------------------------------------------------------------
#(66)Racon已安装
conda install -c bioconda racon 

#--------------------------------------------------------------------------------
#(67)pilon 已安装
conda install -c bioconda pilon

#--------------------------------------------------------------------------------
#(68)hmmer已安装
apt-get install hmmer
#hmmsearch --help 验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(69)prodigal 已安装
apt-get install prodigal

#--------------------------------------------------------------------------------
#(70)RNAmmer已安装
# http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/

#--------------------------------------------------------------------------------
#(71)Circos已安装
apt-get install circos

#--------------------------------------------------------------------------------
#(72)FastANI已安装
# https://chk.ipmb.sinica.edu.tw/wiki/doku.php/computers/bioinfo_server_configuration#trim
# wget https://github.com/ParBLiSS/FastANI/releases/download/v1.1/fastani-Linux64-v1.1.zip
# /opt/FastANI

#--------------------------------------------------------------------------------
#(73) tbl2asn已安装
#wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/converters/by_program/tbl2asn/linux64.tbl2asn.gz
#chmod 755 linux64.tbl2asn
#linux64.tbl2asn -h 验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(74)TMHMM已安装
#https://chk.ipmb.sinica.edu.tw/wiki/doku.php/computers/bioinfo_server_configuration#trim
# /opt/TMHMM/tmhmm-2.0c/bin
#usage:   cat sequence.fasta |tmhmm

#--------------------------------------------------------------------------------
#(75)SignalP已安装
# http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/nph-sw_request?signalp  从网站上下载解压之后，可
以直接调用

#--------------------------------------------------------------------------------
#(76)flye 已安装
conda install -c bioconda flye -y

#--------------------------------------------------------------------------------
#(78)miniasm 已安装
conda install -c bioconda miniasm -y

#--------------------------------------------------------------------------------
#(79)UCSCtools已安装下载
#/opt/UCSCtools
#nohup rsync -aP rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/genome/admin/exe/linux.x86_64/ ./ &

#--------------------------------------------------------------------------------
#(80) vnc4server已安装
# https://www.jianshu.com/p/a64e1bf1ee87
apt-get install vnc4server

#--------------------------------------------------------------------------------
#(81)RSeQC 已安装
pip install rseqc
#bam_stat.py -h验证安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(82) megahit 已安装
conda install -c bioconda -y megahit 

#--------------------------------------------------------------------------------
#(83)VARNA已安装
wget -c http://varna.lri.fr/bin/VARNAv3-93.jar

#--------------------------------------------------------------------------------
#(84)JTKcycle已安装
wget http://www.openwetware.org/images/8/88/JTKversion3.zip

#--------------------------------------------------------------------------------
#(85)CIMS已安装
git clone https://github.com/chaolinzhanglab/czplib.git
git clone https://github.com/chaolinzhanglab/ctk.git

#--------------------------------------------------------------------------------
#(86)wtdbg2已安装
#git clone https://github.com/ruanjue/wtdbg2
#cd wtdbg2 && make
#echo 'export PATH=/home/share/biosoft/wtdbg2:$PATH' >> ~/.bashrc
#source ~/.bashrc

#--------------------------------------------------------------------------------
#(87) quast 已安装
conda install -c bioconda quast -y

#--------------------------------------------------------------------------------
#(88)eggnog-mapper 已安装
conda install -c bioconda eggnog-mapper -y

#--------------------------------------------------------------------------------
#(89)orthofinder 已安装
conda install -c bioconda orthofinder -y 
#orthofinder -h验证是否安装成功

#--------------------------------------------------------------------------------
#(90)trinity 已安装
conda install -c bioconda trinity

#--------------------------------------------------------------------------------
#(91) rsem 已安装
conda install -c bioconda  rsem  -y

#--------------------------------------------------------------------------------
#(92) multiqc 已安装
conda install -c bioconda multiqc  -y

#--------------------------------------------------------------------------------
#(93) sratools 已安装
conda install -c bioconda sratools -y

#--------------------------------------------------------------------------------
#(94)gfatools 已安装
conda install -c bioconda gfatools -y

#--------------------------------------------------------------------------------
#(95) Lachesis 已安装
docker pull aakashsur/lachesis

#--------------------------------------------------------------------------------
#(96)tailseeker 已安装
docker pull hyeshik/tailseeker

#--------------------------------------------------------------------------------
#(97)HiC-Pro 已安装
docker pull aryeelab/hicpro

#--------------------------------------------------------------------------------
#(98)mfold 已安装
docker pull pgcbioinfo/mfold

#--------------------------------------------------------------------------------
#(99)quickmerge已安装
sudo  su
conda  create  -n  quickmerge_env  python=2
source  activate  quickmerge_env
git  clone  https://github.com/mahulchak/quickmerge.git
cd quickmerge/merger
make
cd ../MUMmer3.23
make  check
make  install
cd  ../merger 
最后将merger文件夹路径添加到./basrhrc 文件内的环境变量中

#--------------------------------------------------------------------------------
#(100) BUSCO已安装
conda create -n py2_env python=2
source activate py2_env  或 conda activate py2_env
conda install -c bioconda busco
export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/opt/ANACONDA/anaconda3/envs/py2_env/config/ 
run_busco -h 验证是否安装成功

原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

容器镜像服务
apt
conda
pip
软件

原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

容器镜像服务
apt
conda
pip
软件
#生物信息软件安装
#生信软件安装
#生物信息平台
评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
登录 后参与评论
推荐阅读
LV.
文章
0
获赞
0
目录
  • 20220519_生物信息平台搭建及生物信息软件安装
    • 01 基础软件安装
      • 02 常用生物信息软件安装
        • 主要采用conda安装、apt安装、pip安装、docker安装以及软件源码安装方法
    相关产品与服务
    容器镜像服务
    容器镜像服务（Tencent Container Registry，TCR）为您提供安全独享、高性能的容器镜像托管分发服务。您可同时在全球多个地域创建独享实例，以实现容器镜像的就近拉取，降低拉取时间，节约带宽成本。TCR 提供细颗粒度的权限管理及访问控制，保障您的数据安全。
    产品介绍产品文档
    精选特惠 用云无忧
    领券

    腾讯云开发者

    扫码关注腾讯云开发者

    扫码关注腾讯云开发者

    领取腾讯云代金券

    热门产品

    热门推荐

    更多推荐

    Copyright © 2013 - 2024 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有 

    深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 深公网安备号 44030502008569

    腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 |  京ICP备11018762号 | 京公网安备号11010802020287

    问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档

    Copyright © 2013 - 2024 Tencent Cloud.

    All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有

    登录 后参与评论