[Nat. Commun. | 论文简读] 将生物医学数据集成和格式化为 Bioteque 中预先计算的知识图谱嵌入

简读分享 | 乔剑博 编辑 | 龙文韬

论文题目

Integrating and formatting biomedical data as pre-calculated knowledge graph embeddings in the Bioteque

论文摘要

生物医学数据正在快速积累，将其整合到一个统一的框架中是一项重大挑战，因此可以同时考虑给定生物事件的多个视图。在这里，作者展示了 Bioteque，这是一种规模和范围前所未有的资源，其中包含从巨大的知识图谱中提取的预先计算的生物医学描述符，显示超过 45 万个生物实体和它们之间的 3000 万个关系。Bioteque 整合、协调和格式化从 150 多个数据源收集的数据，包括由 67 种关联（例如，“药物治疗疾病”、“基因与基因相互作用”）链接的 12 个生物实体（例如基因、疾病、药物） ）。作者展示了 Bioteque 描述符如何促进对高通量蛋白质-蛋白质相互作用组数据的评估，预测药物反应和新的再利用机会，并证明它们可以现成地用于下游机器学习任务，而不会损失使用原始数据的性能。因此，Bioteque 提供了对公共领域可用的生物医学知识进行彻底处理、易于处理和高度优化的组合。

论文链接

https://www.nature.com/articles/s41467-022-33026-0