生信星球day7-毽子

测序原理

我感觉这个讲得挺好的：

【中英双语】Illumina测序原理详解 | 边合成边测序

素材来源：YouTube官方 https://www.youtube.com/watch?v=fCd6B5HRaZ8 from一只小蛮要

Fastq格式：一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有4行。

第一行：由‘@’开始，后面跟着序列ID和可选的描述，序列ID是唯一的；

第二行：碱基序列；

第三行：由‘+’开始，后面是序列的描述信息；

第四行：第二行序列的质量评价(quality value)。

from 生信星球

Fasta格式：

from 生信星球

1：以“>”为开头，fasta格式标志。

2：序列ID号，gi号，NCBI数据库的标识符，具有唯一性。

格式为：gi|gi号|来源标志|序列标志（接收号、名称等），若某项缺失可以留空，“|”保留。

3：序列描述。

4：碱基序列，序列中允许空格、换行、空行，一般一行60个。

Fastq文件→Fasta文件

Linux命令

法1：sed '/^@/!d;s//>/;N' your.fastq > your.fasta

法2：seqtk seq -A input.fastq  > output.fasta

FASTX-Toolkit

•一款用于处理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序，里面包含了丰富的Fasta/Fastq文件格式转换、统计等命令。

http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/