【画图】与SARS-CoV-2病毒结合的ACE2基因在人肺组织功能预测分析
【画图】与SARS-CoV-2病毒结合的ACE2基因在人肺组织功能预测分析
Chris生命科学小站
发布于 2023-02-28 19:08:38
发布于 2023-02-28 19:08:38
画着画着，标书研究基础就画完了。
为什么要画这个图？
现在已经有明确的实验证明，跟SARS病毒一样，新冠状病毒2019-nCoV与宿主细胞的ACE2受体结合[1]。上次教程已经给大家演示了，GTEx数据库有人各组织中基因表达谱数据，下载整理这个数据可以绘制出ACE2受体在人体组织中的表达量情况。
【画图】冠状病毒结合的宿主细胞受体ACE2在人组织中的表达情况
【画图】ACE2在TCGA肺癌数据的表达情况（请不要过度解读这个图的结果！）
我们平时在做分析的时候，找到差异基因之后要做的就是看看这个基因有什么功能，既然ACE2这个基因这么可恶，那么我们来预测一下这个基因在人肺组织样本都有哪些功能呢？
画图
1. 获得人肺组织表达谱数据
lungTMP<-read.csv("Lung.csv",header = T,check.names = F,row.names = 1)2. 数据清洗按照ACE2基因表达量按照中位数分成高低表达组
ACE2geneexp<-data.frame(t(lungTMP[str_sub(rownames(lungTMP),end=15)==gene,]),check.names = F)
ACE2geneexp$group<-ifelse(ACE2geneexp$ENSG00000130234.10 > median(ACE2geneexp$ENSG00000130234.10),"high","low")
ACE2geneexp$group<-as.factor(ACE2geneexp$group)3. 计算差异基因
library(limma)
design<-model.matrix(~0+group)
contrast.matrix <- makeContrasts (contrasts = c("grouphigh-grouplow"), levels = design)
fit1 <- contrasts.fit(lmFit(lungTMP, design), contrast.matrix)
fit2 <- eBayes(fit1)
dif <- topTable(fit2,coef="grouphigh-grouplow",n=nrow(fit2),adjust="BH",sort.by = "P")4.用Y叔的神包clusterProfiler分析
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
library(ggplot2)
library(annoE)
genecluster<-AnnoENSG(EntrezID = T,data=dif )
genecluster<-genecluster[order(genecluster$logFC,decreasing = T),]
gene<-genecluster$EntrezGene
genelist<-genecluster$logFC
names(genelist)<-gene
ego <- enrichGO(gene = gene,
ont = "ALL",
OrgDb = org.Hs.eg.db,
pAdjustMethod = "BH",
pvalueCutoff = 0.05,
qvalueCutoff = 0.05,
readable = TRUE)
go.plot<-dotplot(ego, showCategory = 10,split="ONTOLOGY")+ facet_grid(ONTOLOGY~., scale="free")
go.plot备注：上面annoE是站长自己写的注释基因的包。
emapplot(ego)
5. 用GOplot包再画个八卦图
library(GOplot)
circ <- circle_dat(david, geneFC)
GOCircle(circ)
画图素材：
1、在GTEx上下载其中人肺组织表达谱数据
2、需要annoE包
3、GOplot中准备circ的代码
上面的素材，大家可以自行准备，当然如果嫌麻烦大家可以在文末赞赏，可以获得出图代码和相关数据！
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原始发表：2020-02-25，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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