阿榜的生信笔记7—R语言的综合运用1
原创
哈喽，我是学习生物信息学的阿榜！非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭?
这份学习目录可以让大家更容易地了解笔记里面的内容哦?：
R语言的综合运用内容较多，所以我将其分为两篇文章进行讲解。第一篇笔记先学习目录的前三个知识✊
一、玩转字符串
字符串的学习要点在下方：
1、字符串长度
先上图，大家会不会觉得疑惑？这好像不是我想的答案
rm(list = ls())
if(!require(stringr))install.packages('stringr')
library(stringr)
x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."
x
### 1.检测字符串长度
str_length(x)
length(x)如果和你想的答案不一样，那说明你有些概念没有弄清楚：
看完上幅图的概念后，你是不是明白了？对的，str_length(x)得到的是字符串的长度，它包括了“”内的所有东西，包括空格哦。
2、字符串拼写
那有人会问我不想包括空格，想要单词的长度，怎么办？
### 2.字符串拆分
str_split(x," ")
x2 = str_split(x," ")[[1]];x2
y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")
str_split(y," ")
str_split(y," ",simplify = T)str_split（x，“ ”）将字符串x分割成以空格为分隔符的子字符串数组。
2 = str_split(x," ")[1];x2，这段代码将字符串 x 以空格为分隔符分成多个部分，并将第一个部分赋值给变量 x2。然后将 x2 的值返回。
str_split(y," ",simplify = T)这段代码是用于将字符串 y 按空格进行分割，参数 simplify 设置为 T 表示结果直接返回成为一个数组。
3、str_sub():按位置提取字符串
### 3.按位置提取字符串
str_sub(x,5,9)4、字符检测
### 4.字符检测
str_detect(x2,"h")
str_starts(x2,"T")
str_ends(x2,"e")str_detect函数检查x2字符串中是否包含字母"h"，返回一个逻辑值。
str_starts函数检查x2字符串是否以字母"T"开头，返回一个逻辑值。
str_ends函数检查x2字符串是否以字母"e"结尾，返回一个逻辑值。
5、字符替换
### 5.字符串替换
x2
str_replace(x2,"o","A")
str_replace_all(x2,"o","A")"str_replace(x2,"o","A")" 该代码表示将字符串x2中的第一个字母o替换为A。
"str_replace_all(x2,"o","A")" 该代码表示将字符串x2中所有的字母o都替换为A。
6、字符删除
### 6.字符删除
x
str_remove(x," ")
str_remove_all(x," ")str_remove(x," ")从字符串x中删除一个空格。
str_remove_all(x," ")从字符串x中删除所有空格。
字符串学完啦?
知识点记忆卡片来喽，帮助大家梳理知识点和记忆：
二、玩转数据框
1、arrange()排序
test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]
rownames(test) =NULL # 去掉行名，NULL是“什么都没有”
test
# arrange，数据框按照某一列排序
library(dplyr)
arrange(test, Sepal.Length) #从小到大
arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小arrange(test, Sepal.Length) ：按照"Sepal.Length"这个变量的值对"test"数组进行从小到大排序。
arrange(test, desc(Sepal.Length)) ：按照"Sepal.Length"这个变量的值对"test"数组进行从大到小排序。
2、distinct()去重复
# distinct，数据框按照某一列去重复
distinct(test,Species,.keep_all = T)distinct(test,Species,.keep_all = T)，这行代码是用来从数据框test中筛选出不重复的Species列，并保留所有列数据。其中的参数“.keep_all = T”表示保留所有列，而不仅仅是Species列。
3、mutate():数据框新增列
提个小问题：运行完这句代码“test=mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)”后、test这个数据是5列还是6列？为什么？
# mutate，数据框新增一列
test=mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)：这段代码使用了mutate函数，将test数据集中新增一个名为new的列，该列的值为Sepal.Length×Sepal.Width。
答案：6列，代码运行的结果赋值给test了
所以经典名言第三次出现了，大家熟记于心?
4、补充两个知识点：select()函数是用于从数据框（data.frame）或数据集（dataset）中选择特定的列。
filter()函数是用于从数据框（data.frame）或数据集（dataset）中筛选出符合特定条件的行。
5、函数的运用
# 连续的步骤
# 1.多次赋值，产生多个中间的变量
x1 = select(iris,-5)
x2 = as.matrix(x1)
x3 = head(x2,50)
pheatmap::pheatmap(x3)
# 2. 嵌套，代码不易读
pheatmap::pheatmap(head(as.matrix(select(iris,-5)),50))
# 3.管道符号传递，简洁明了
iris %>%
select(-5) %>%
as.matrix() %>%
head(50) %>%
pheatmap::pheatmap()上面的三种代码运行的结果是一样的，我仔细解释第一种代码：x1 = select(iris,-5)、x2 = as.matrix(x1)、x3 = head(x2,50)、pheatmap::pheatmap(x3)：这段代码首先通过select函数从iris数据集中选择了除了第5列（即最后一列）之外的所有列，然后将结果转换成矩阵（as.matrix），接着再选出前50行（head函数），最后使用pheatmap包中的pheatmap函数绘制热图。
①、多次赋值，产生多个中间的变量
②、嵌套，代码不易读
③、管道符号传递，简洁明了
三、条件语句和循环语句
1、if条件语句：满足（）里面的条件，执行；不满足（）里面的条件，不执行
②、长脚本管理的两种方法
长脚本可以进行折叠，if条件语句简洁了?
③、if条件语句的进阶
原理：
④、ifelse函数
原理如图所示：简单直接
下面这张图是运用到生信的数据清洗，很重要，大家用心去理会吧?
⑤、多个条件运用
rm(list = ls())
## 一.条件语句
###1.if(){ }
#### (1)只有if没有else，那么条件是FALSE时就什么都不做
i = -1
if (i<0) print('up')
if (i>0) print('up')
#理解下面代码
if(!require(tidyr)) install.packages('tidyr')
#### (2)有else
i =1
if (i>0){
print('+')
} else {
print("-")
}
i = 1
ifelse(i>0,"+","-")
x = rnorm(3)
x
ifelse(x>0,"+","-")
#ifelse()+str_detect(),王炸
samples = c("tumor1","tumor2","tumor3","normal1","normal2","normal3")
k1 = str_detect(samples,"tumor");k1
ifelse(k1,"tumor","normal")
k2 = str_detect(samples,"normal");k2
ifelse(k2,"normal","tumor")
#### (3)多个条件
i = 0
if (i>0){
print('+')
} else if (i==0) {
print('0')
} else if (i< 0){
print('-')
}
ifelse(i>0,"+",ifelse(i<0,"-","0"))⑥、for循环
for循环可以机械重复操作符合同一条件的数据，下面列举了三个例子：
## 二、for循环
for( i in 1:4){
print(paste0("the current number is ",i))
}
#批量画图
par(mfrow = c(2,2))
for(i in 1:4){
print(paste0("the current column is ",colnames(iris)[i]))
plot(iris[,i],col = iris[,5])
}
#批量装包
pks = c("tidyr","dplyr","stringr")
for(g in pks){
print(paste0("package ",g," is installing"))
if(!require(g,character.only = T))
install.packages(g,ask = F,update = F)
}以上是我这次在学习生物信息学过程中所整理的笔记。希望大家能够一起学习，共同进步。如果在笔记中有错误或者不足之处，欢迎大家指正，我们一起加油鸭?
引用自生信技能树——小洁老师
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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